Ingénieur·e en Ingénierie Logicielle H/F - 34

La personne recrutée sera rattachée au responsable de l'Accélérateur de Recherche Technologique (ART-INSERM) situé au Centre de Biologie Structurale (CBS) de Montpellier. Elle aura pour mission principale de concevoir, développer et maintenir des outils logiciels et des pipelines d'analyse de données pour accompagner des projets en biologie synthétique et en biologie quantitative. Elle
contribuera également à l'analyse des données, à l'interprétation des résultats et à la valorisation scientifique (rapports, publications, outils).

Principales missions :
- Concevoir, développer et optimiser les pipelines d'analyse de données pour l'imagerie, la cytométrie, le séquençage et la transcriptomique
- Développer des outils pour la conception assistée de circuits génétiques, y compris l'optimisation des séquences, la modélisation et l'analyse
- Mettre en oeuvre des flux de travail reproductibles et automatisés
- Gérer le versionnage des codes et des pipelines à l'aide de systèmes de contrôle de version tels que Git, GitLab et GitHub
- Conteneuriser et déployer des outils sur des environnements de calcul (clusters, cloud, serveurs locaux) à l'aide de Docker ou Singularity
- Maintenir les pipelines et fournir une assistance aux utilisateurs, y compris la résolution des bogues et les mises à jour
- Documenter les outils et les flux de travail à la fois techniquement et fonctionnellement
- Rester à jour avec les dernières technologies, outils, méthodologies et meilleures pratiques dans le domaine
- Participer à l'analyse des besoins des projets de recherche
- Collaborer avec les équipes de biologie synthétique, de bio-informatique et potentiellement avec des plateformes technologiques (imagerie, cytométrie, séquençage)
- Former et accompagner des utilisateurs (scientifiques et ingénieurs)
- Assurer des activités d'encadrement de stagiaires dans son domaine scientifique
- Contribuer à la rédaction de publications, rapports, dossiers techniques ou scientifiques
- Participer ponctuellement aux activités transversales liées au fonctionnement informatique de l'institut, en coordination avec les équipes techniques (exemple : support léger aux utilisateurs, contribution aux bonnes pratiques de gestion des données, réflexion sur les évolutions des infrastructures locales si pertinent)