Ingénieur en Biologie Moléculaire et Analyses de Données H/F - 34

La structure que vous allez rejoindre

L'UMR QUALISUD est dédiée à la transformation de l'aliment, de son processus d'élaboration jusqu'à l'appréciation de ses qualités sensorielles et nutritionnelles, de son bénéfice santé, de son innocuité et de ses propriétés technologiques.
L'équipe « Alimentation, Nutrition, Santé des populations aux Suds » s'intéresse aux voies d'amélioration de la qualité nutritionnelle des aliments consommés par les groupes vulnérables dans les pays du Sud. Elle développe des recherches sur les relations entre matrices alimentaires, procédés de transformation, microbiotes et hôte. La fabrication de ces aliments nécessite la mise en oeuvre de différentes méthodes de microbiologie et biochimie, permettant la caractérisation des acteurs des fermentations, de leurs fonctions et de leur application.
Vous intégrerez une équipe dynamique travaillant sur un domaine innovant et actuel, l'étude des microbiotes alimentaires et intestinaux. Vous participerez à des projets visant à contribuer à la résolution des problèmes nutritionnels dans les pays du Sud dans un positionnement original s'intéressant aux questions de sous-nutrition et d'utilisation des microorganismes pour lutter contre les carences alimentaires. Des collaborations impliquant des structures privées en Afrique, en Asie et en France vous permettront de participer à la mise en place de solutions concrètes pour lutter contre les malnutritions.Une mission attractive

Sous la responsabilité de Christèle Humblot chercheure à l'IRD spécialiste en microbiologie, votre missionà consistera à choisir, adapter et mettre en oeuvre les méthodes nécessaires à la réalisation des activités de recherche de l'UMR dans le domaine de l'écologie microbienne moléculaire

vos activités seront les suivantes:

- Assurer la veille méthodologique et la mise au point de méthodes en métagénomique (écologie synthétique, cultures microbiennes, approches « méta-omiques », préparation, suivi et contrôle des opérations de fermentation).
- Réaliser des analyses de routine en biologie moléculaire (extraction ADN, ARN, PCR en temps réel, séquençage à haut débit).
- Conduire les analyses de données issues du séquençage à haut débit (métagénomes alimentaires et intestinaux) en utilisant des outils de bio-informatique (Qiime 2, R, Python, Bash) y compris sur des clusters de calcul, du traitement des données à la visualisation.
- Favoriser l'articulation avec les structures opérationnelles et décisionnelles (plateformes de séquençage à haut débit, interactions avec les centres de ressources microbiennes).
- Rédiger des protocoles détaillés d'analyse et former les stagiaires et partenaires.
- Respecter et faire respecter les règles d'éthique, d'hygiène et sécurité.
- Participer à la gestion du laboratoire (commandes, suivi des stocks, maintenance)

Votre future équipe

Vous intègrerez une équipe multidisciplinaire composée de 6 chercheurs, 1 ingénieur de recherche, 2 ingénieurs d'études 1 assistant ingénieur et 1 technicien. La multidisciplinarité des approches développées (épidémiologie, science des aliments) vous permettra d'interagir avec des collègues de différents domaines, tout en renforçant les aspects microbiologiques portés principalement par un chercheur de l'équipe.

Vous travaillerez en interactions fortes avec les membres de cette équipe ayant un effectif de taille restreinte ainsi qu'avec des membres d'autres équipes de l'UMR (par exemple en bioinformatique).

Vous partagerez un espace commun pour mener à bien les activités qui vous seront confiées, dans un collectif engagé et volontaire.

Vous interagirez avec des partenaires et étudiants du Sud dans un environnement multiculturel.