Chercheur en Génomique des Populations H/F - 34

L'unité de recherche (DIversité, Adaptation et DEveloppement des plantes tropicales ; IRD-Univ. Montpellier-CIRAD) étudie la biodiversité végétale, les mécanismes d'adaptation des plantes et de leurs interactions avec l'environnement, explore les mécanismes de développement des plantes pour élaborer de nouveaux phénotypes qui sont nécessaires dans un contexte de changement climatique. Les équipes de l'unité développent pour cela une continuité d'approches, d'outils et de méthodes : analyse du génome, biochimie, physiologie, microscopie, modélisation, intégration des données.

L'unité s'intéresse particulièrement aux plantes des régions tropicales étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zone de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l'environnement et de demande accrue en production végétale. L'unité développe ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie.Une mission attractive

Les fleurs des orchidées méditerranéennes du genreOphrysimitent les femelles d'insectes par des signaux visuels, tactiles et olfactifs, attirant des mâles qui réalisent ainsi la pollinisation. Le projet se concentre surOphrys aveyronensis, une espèce composée de deux sous-espèces géographiquement séparées (O. a. subsp. aveyronensisen France etO. a. subsp. vitoricaen Espagne) qui ont divergé il y a moins de 1500 générations / 5000 ans.

Sous la responsabilité d' un chargé de recherche IRD en étroite collaboration avec un maître de conférences à Perpignan, votre mission sera de contribuer au développement du projet ANR ORIGAMIS, un projet visant à relier génomique, phénotypes et fitness par des approches innovantes sur un modèle ambitieux d'orchidées à long génome. Des études préliminaires suggèrent fortement l'implication de variants structuraux dans le maintien de la diversité des phénotypes floraux (Gibertet al. 2025).

Dans ce cadre vos activités seront les suivantes:

- Elucider les mécanismes proximaux et les pressions évolutives qui sous-tendent cette diversité.
- Développer des technologies nouvelles (par ex. haplotagging, séquençage longues lectures Nanopore) afin d'analyser sous l'angle de la biologie évolutive les variations ponctuelles et structurales susceptibles de façonner les traits floraux chez Ophrys. Ceci implique le traitement bioinformatique des données générées, ainsi que le génotypage et le contrôle qualité de l'appel des variants.
- Contribuer au plan d'échantillonnage et aux missions de terrain (Nord de l'Espagne et Grands Causses).
- Développer des approches de modélisation en génétique des populations afin de tester différents scénarios évolutifs neutres et sous sélection quant à l'origine et la dynamique des variants.

Référence:Gibert, A., Schatz, B., Buscail, R., Nguyen, D., Baguette, M., Barthes, N. and Bertrand, J.A.M. (2025), Floral phenotypic divergence and genomic insights in an Ophrys orchid: unraveling early speciation processes. New Phytol, 245: 849-868. https://doi.org/10.1111/nph.20190

Votre future équipe

Vous rejoindrez l'unité DIADE à Montpellier, un environnement de recherche dynamique à la pointe de la génomique évolutive des plantes. Vous bénéficierez d'un accès aux infrastructures de calcul haute performance régionales et nationales (Genotoul, Institut Français de Bioinformatique) et collaborerez avec un réseau local (CBGP, IRD) comme international de chercheurs travaillant sur la génomique de la spéciation et la biologie évolutive des plantes. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un chercheur post doctoral de l'université de Perpignan afin de lier approches génomiques et approches de phénotypage haut-débit.

Le projet implique également des sessions de terrain en France et en Espagne.