Thèse Apports de la Dynamique Moléculaire à la Conception In Silico de Peptides - Mini-Protéines Ciblant les Récepteurs Couplés aux Protéines-G H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques Balard Laboratoire de recherche : IBMM - Institut des Biomolécules Max Mousseron Direction de la thèse : Nicolas FLOQUET ORCID 0009000660725363 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-04-24T23:59:59 Le projet s'inscrit dans la thématique de l'équipe F13 de l'IBMM et vise à mieux comprendre à l'échelle moléculaire le fonctionnement des RCPGs (Récepteurs Couplés aux Protéines-G). Cette thèse se fera dans un environnement multi-disciplinaire à l'interface modélisation/chimie/biologie. La thèse visera à démontrer l'intérêt de la dynamique moléculaire pour concevoir par I.A. des binders (peptides/protéines) ciblant ces récepteurs, mais aussi pour en prioriser les tests . Nos modèles principaux seront les récepteurs de la Ghréline et de la Motiline. L'idée du projet est de réussir à concevoir des agents pharmacologiques se liant spécifiquement à certaines conformations de ces récepteurs, mais aussi à leurs différents partenaires intracellulaires. Différents pipelines basés sur la dynamique moléculaire (all-atoms/gros-grains) seront testés et les molécules les plus prometteuses seront testées et validées expérimentalement au sein de notre équipe. L'équipe F13 de l'IBMM regroupe des personnels avec des compétences très diverses autour des GPCRs. L'étudiant(e) interviendra uniquement dans la partie modélisation moléculaire du projet. Les méthodes I.A. récemment décrites seront testées : Bindcraft/rfdiffusion/Boltzgen pour générer des peptides / protéines capables de se lier aux protéines cibles.
La dynamique moléculaire sera effectuée avec Gromacs sur les différents centres nationaux de calcul.
Le travail au laboratoire sera fait sur une station Linux dédiée à l'étudiant(e).

Le (la) candidat(e) devra posséder un Master ou équivalent, de préférence avec une spécialisation en chemoinformatique/bioinformatique/modélisation moléculaire utilisant des champs de forces de mécanique moléculaire. Une expérience pratique dans ce domaine est requise, notamment en dynamique moléculaire (GROMACS). Des compétences en algorithmique / I.A. seraient un plus. L'étudiant(e) devra également avoir des compétences en programmation / écriture de scripts / développement de pipelines sous linux (python, bash). Un bon niveau en Anglais parlé/écrit est également requis.