Thèse Modélisation des Conséquences Épidémiologiques de la Gestion Individuelle d'Une Virose Touchant les Vergers de Prunus H/F - 34

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
Laboratoire de recherche : PHIM - Plant Health Institute Montpellier
Direction de la thèse : Gaël THEBAUD ORCID 0000000229874997
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59

Le plum pox virus est responsable de la maladie de la sharka touchant les Prunus (abricotiers, pêchers, pruniers) et transmise par pucerons au sein des vergers infectés et dans leur voisinage. En France, cette maladie est contenue depuis plusieurs dizaines d'années par une lutte collective règlementée basée sur la surveillance des symptômes et l'arrachage des arbres infectés. Or, il est prévu que cette gestion soit dérèglementée dans les années à venir, laissant aux producteurs la responsabilité de se coordonner ou non pour gérer (ou non) cette virose. Cette évolution induirait une rupture majeure dans la philosophie de gestion mais aussi dans la nature du suivi de l'épidémie. La littérature indique que l'hétérogénéité des situations des acteurs est susceptible d'aboutir à une augmentation de la prévalence de la maladie en l'absence de coordination. De précédents travaux de modélisation ont montré dans une situation stylisée (deux producteurs, et deux années successives) qu'une simple différence de prévalence de la maladie entre producteurs voisins est susceptible de générer différents types d'interactions stratégiques résultant en un contrôle suboptimal de la maladie. Par ailleurs, une épidémiosurveillance continue est nécessaire pour s'assurer du maintien de la maladie sous le seuil épidémique. Or, dans un contexte où les modalités de surveillance varient au cours du temps, il est nécessaire de construire des indicateurs épidémiologiques robustes à ces variations. Cette thèse de modélisation en épidémiologie vise deux objectifs : (i) évaluer l'impact de différents types de stratégies individuelles sur la propagation de l'épidémie, et (ii) définir des indicateurs épidémiologiques robustes aux variations des modalités de surveillance, et estimer l'état de l'épidémie à partir de données issues du dispositif d'épidémiosurveillance.

Les stratégies de gestion des épidémies sont sujettes à des changements du fait de l'évolution des connaissances scientifiques, mais aussi du contexte épidémiologique et socio-économique. La gestion collective obligatoire et la gestion individuelle sont deux types extrêmes de gestion des épidémies, qui ont des conséquences très différentes. En effet, si la gestion collective vise la maximisation du bien commun, la mise en oeuvre de la gestion individuelle dépend des critère de décision des acteurs. Cette thèse vise à étudier ces phénomènes dans le cas de la sharka, une épidémie majeure touchant les Prunus et dont la règlementation a été allégée en 2021 avec pour objectif à moyen terme une gestion (individuelle ou collective) prise en charge par les arboriculteurs.

Un modèle préexistant de simulation de la propagation et de la gestion de la sharka dans des paysages réalistes sera utilisé pour évaluer in silico l'efficience épidémio-économique de différentes stratégies de gestion. Le principal critère de comparaison sera la valeur actuelle nette calculée sur 30 ans, qui permet de comparer dans une même unité monétaire des temps d'inspection, des pertes de récolte, des arrachages de parcelles.

1- Evaluation de l'impact de différents types de stratégies individuelles sur la propagation de l'épidémie.
Une nouvelle approche sera développée afin d'évaluer in silico les conséquences de la stratégie cible (dérèglementation) et d'identifier les conditions d'une gestion efficiente en l'absence de règlementation. Dans le modèle de simulation, seront intégrées différentes stratégies des arboriculteurs face à l'épidémie, et différents mécanismes économiques correctifs envisageables. Les simulations qui seront réalisées permettront de caractériser les sources d'inefficacité et les mécanismes correctifs performants.

2- Définition et suivi d'indicateurs épidémiologiques robustes aux variations des modalités de surveillance.
Un travail méthodologique sera mené pour identifier les meilleurs indicateurs épidémiologiques précoces de succès ou d'échec de la nouvelle stratégie de gestion appliquée sur le terrain (et de la future stratégie dérèglementée), dans un contexte de gestion où la surface surveillée décroît et où l'objectif est la réduction de la transmission d'une maladie et non son éradication. Pour ce faire, il faudra reconstruire la série temporelle des indicateurs épidémiologiques à partir des bases de données de surveillance, notamment avant et après le nouvel arrêté national de 2021.