Thèse Étude de la Dynamique Évolutive des Éléments Transposables dans le Genre Coffea H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : DIADE - Diversité, Adaptation et DEveloppement des plantes Direction de la thèse : Romain GUYOT ORCID 0000000270167485 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 Les éléments transposables (ETs) sont des séquences d'ADN mobiles qui jouent un rôle fondamental dans l'évolution et la plasticité des
génomes. Ils contribuent à la régulation de l'expression des gènes, à l'adaptation des espèces à leur environnement et à la divergnece
des génomes, pouvant conduire à la spéciation. Le genre Coea regroupe 141 espèces, présentant une grande diversité phénotypique et
un fort potentiel pour l'amélioration des caféiers cultivés, notamment en matière de résistance aux mala-dies et d'adaptation aux
variations climatiques. Toutefois, leur diversité et leur dynamique évolutive reste encore peu explorée, notamment en ce qui concerne rôle
dans l'adaptation aux environnements contrastés et à la spéciation des espèces. Ce projet de thèse s'intéresse à la diversité et à l'impact
des ETs sur la structure des chromosomes, la variation de taille des génomes et l'adaptation des espèces du genre Coea. Dans ce
cadre, il vise plus précisément à caractériser les ETs dans le genre Coea en exploitant les données génomiques générées dans le cadre
du projet ANR internatio-nal Bridges\_Coea. Des approches de génomique comparative seront aussi déployées pour com-prendre leur
rôle dans la divergence génomique et l'adaptation des espèces sur un pas de temps évolu-tif de 15 millions d'années. D'ici 2032, les températures mondiales devraient augmenter de 1,5 °C au rythme actuel, et une hausse de 2 °C pourrait être atteinte d'ici
2057. Ces changements climatiques auront des conséquences ma-jeures sur l'environnement, réduisant drastiquement les surfaces
cultivables, augmentant les stress biotiques et abiotiques, et aectant directement la production agricole. Le café est l'une des cultures
les plus importantes au niveau mondial, jouant un rôle clé dans les moyens de subsistance de millions de personnes. Aujourd'hui, deux
espèces dominent le marché : Coea arabica (Arabica), une espèce allotétraploïde représentant 60 % de la production mondiale.
Originaire d'Éthiopie et du Soudan du Sud, elle est sensible aux variations climatiques. La seconde espèces, Coea canephora
(Robusta), est une espèce diploïde représentant 40 % du marché, plus tolérante aux stress environnementaux mais limitée à des niches
écologiques spécifiques. Avec le changement climatique, 50 % des zones actuelles de culture du café pourraient disparaître d'ici 2050.
Le genre Coea comprend 41 espèces, dont cer-taines possèdent des caractères d'adaptation exceptionnels, comme la résistance aux
maladies, la tolé-rance à la sécheresse ou encore l'absence naturelle de caféine. Cependant, 60 % des espèces sauvages sont
menacées par la destruction de leur habitat, soulignant l'urgence de leur étude et de leur conserva-tion. Il est donc essentiel d'explorer
maintenant la diversité génétique des espèces sauvages du genre Coea afin d'identifier des traits d'intérêt pouvant être intégrés dans
des programmes d'amélioration variétale. Parallèlement, il est tout aussi crucial d'étudier la dynamique évolutive de leurs génomes en
lien avec leur adaptation aux conditions environnementales. Une telle approche per-mettrait de mieux comprendre les trajectoires
évolutives de ces espèces ainsi que les compartiments chromosomiques aectés par ces processus, orant ainsi de nouvelles
perspectives sur les méca-nismes sous-jacents à leur diversité et à leur résilience. Enfin, les approches génomiques à large échelle
permettront au final de mieux comprendre, protéger et gérer la diversité génétique de ces es-pèces en danger.

- Compétences en bioinformatique : maîtrise indispensable de la ligne de commande (bash/shell), bases en R/Python, notions de travail
sur cluster de calcul (type HPC sous SLURM).
- Connaissance dans la manipulation de fichiers de séquençage, assemblage des génomes, annotation des génomes, bases en
statistiques.
- Compétences en génomique et base de l'évolution
- Solide sens de l'organisation. Indépendance.
* intérêt pour la biologie des plantes, botanique, evolution