Thèse Dynamique Éco-Épidémiologique de la Circulation des Virus de Mammifères à Potentiel Zoonotique dans le Delta du Rhône une Approche Intégrée One Health H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle Direction de la thèse : Frédéric THOMAS ORCID 0000000322381978 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 Ce projet de thèse vise à analyser la dynamique éco-épidémiologique des virus de mammifères à potentiel zoonotique dans le delta du Rhône (Camargue), selon un cadre intégré One Health. La dégradation accélérée des écosystèmes liée aux changements d'usage des sols, à l'intensification agricole, aux modifications hydrologiques, à l'expansion urbaine et au changement climatique est aujourd'hui reconnue comme un facteur majeur de l'émergence des maladies infectieuses. Cependant, les mécanismes écologiques structurant la circulation virale au sein de systèmes multi-hôtes demeurent insuffisamment compris à l'échelle régionale, en particulier dans des socio-écosystèmes complexes où interagissent faune sauvage, élevage et activités humaines.

Le delta du Rhône constitue un laboratoire naturel idéal pour aborder ces questions. Cette mosaïque méditerranéenne de zones humides associe espaces naturels protégés, paysages agricoles, interfaces urbaines et systèmes d'élevage, générant une grande diversité de gradients écologiques et d'interfaces hôte-environnement. Le projet cherchera à comprendre comment les pressions environnementales et la configuration paysagère influencent les patterns de circulation virale au sein des communautés de mammifères et comment ces dynamiques écologiques peuvent façonner le risque zoonotique.

La recherche combinera écologie de terrain, virologie moléculaire, analyses spatiales et modélisation quantitative. Des campagnes d'échantillonnage seront menées sur des sites représentatifs de gradients d'intensité d'usage des sols, de fragmentation des habitats, d'altérations hydrologiques et de pressions anthropiques. Des hôtes mammifères sauvages et domestiques sélectionnés seront analysés pour détecter des familles virales à potentiel zoonotique à l'aide d'outils moléculaires, et, lorsque cela sera pertinent, des approches de caractérisation de la diversité virale seront mises en oeuvre. Les variables environnementales et paysagères seront quantifiées à partir d'analyses géospatiales permettant d'intégrer structure des habitats, composition de la biodiversité et indicateurs de stress environnemental.

Des approches statistiques et spatiales permettront d'identifier les déterminants écologiques de la prévalence virale et de caractériser la manière dont la composition des communautés hôtes et la dégradation environnementale structurent conjointement la circulation virale. Plutôt que de se limiter à la simple présence de pathogènes, le projet envisagera les dynamiques virales comme des propriétés émergentes de la structure des écosystèmes, afin d'identifier les configurations susceptibles de favoriser la transmission interspécifique. En intégrant données écologiques, environnementales et épidémiologiques, l'étude opérationnalisera le cadre One Health à l'échelle régionale.

Les résultats attendus comprennent une cartographie intégrée de la circulation virale chez les mammifères du delta du Rhône, l'identification des facteurs environnementaux structurant ces dynamiques, ainsi que le développement d'outils de modélisation transférables à d'autres socio-écosystèmes méditerranéens. Au-delà de sa contribution académique à l'écologie des maladies et à l'éco-épidémiologie, le projet fournira des connaissances utiles à la gestion environnementale et aux autorités de santé publique, en clarifiant la manière dont la dégradation des écosystèmes peut influencer le risque zoonotique.

Dans son ensemble, cette thèse contribuera à une compréhension mécanistique des liens entre changements environnementaux, dynamiques de biodiversité et émergence des maladies infectieuses, en soulignant la nécessité d'intégrer l'intégrité écologique dans les stratégies de prévention des maladies, dans une perspective One Health. La dégradation accélérée des écosystèmes liée aux changements d'usage des sols, à l'intensification agricole, aux modifications hydrologiques et au changement climatique est aujourd'hui reconnue comme un facteur majeur de l'émergence des maladies infectieuses. De nombreuses zoonoses émergent dans des socio-écosystèmes où interagissent faune sauvage, élevage et activités humaines, mais les mécanismes écologiques structurant la circulation virale au sein de ces systèmes multi-hôtes demeurent encore insuffisamment compris à l'échelle régionale. Le delta du Rhône constitue un territoire particulièrement pertinent pour étudier ces dynamiques, en raison de la coexistence d'espaces naturels protégés, de zones agricoles intensives et d'interfaces urbaines. En s'inscrivant dans le cadre de la Zone Atelier CNRS Santé-Environnement Camargue et du projet ZOOCAM, cette thèse adopte une approche One Health visant à articuler écologie, environnement et santé afin de mieux comprendre les conditions favorisant la circulation et l'émergence de virus à potentiel zoonotique. Ce projet vise à analyser la dynamique éco-épidémiologique des virus de mammifères à potentiel zoonotique dans le delta du Rhône, afin d'identifier les déterminants écologiques et environnementaux structurant leur circulation. Il s'agira (i) de caractériser les patterns spatio-temporels de prévalence virale chez différents hôtes sauvages et domestiques, (ii) d'identifier les facteurs liés à l'usage des sols, à la fragmentation des habitats et aux pressions anthropiques influençant ces dynamiques, et (iii) de modéliser les interfaces hôte-environnement susceptibles de favoriser la transmission interspécifique. L'objectif final est de contribuer à une compréhension mécanistique du risque zoonotique dans une perspective intégrée One Health. Le projet reposera principalement sur des approches de biologie moléculaire visant à détecter et caractériser des virus de mammifères à potentiel zoonotique dans le delta du Rhône. Des échantillons biologiques collectés chez des hôtes sauvages et domestiques seront analysés par des techniques de détection moléculaire (PCR, RT-PCR) ciblant des familles virales d'intérêt. Lorsque pertinent, des approches de caractérisation de la diversité virale (séquençage et analyses phylogénétiques) permettront d'identifier les variants circulants et d'explorer leur structuration génétique.

Les données moléculaires obtenues permettront d'estimer la prévalence virale et de comparer les profils de circulation entre espèces et sites d'échantillonnage, contribuant ainsi à une meilleure compréhension des dynamiques virales locales dans une perspective One Health.

Le candidat recherché devra être titulaire d'un Master 2 (ou équivalent) en biologie, écologie, virologie ou sciences de l'environnement, avec une formation solide en biologie moléculaire. Une expérience préalable en techniques de laboratoire (extraction d'ADN/ARN, PCR, RT-PCR, manipulation d'échantillons biologiques) sera particulièrement appréciée.

Le projet nécessitant des analyses rigoureuses et reproductibles, le candidat devra faire preuve de précision, d'organisation et d'autonomie dans la conduite des expérimentations. Des compétences en analyse de données (statistiques de base, maîtrise d'outils tels que R ou équivalent) constitueront un atout.

Un intérêt marqué pour l'écologie des maladies, les zoonoses et les approches intégrées One Health est attendu. La capacité à travailler en équipe au sein d'un environnement interdisciplinaire, ainsi que de bonnes compétences rédactionnelles en français et en anglais scientifique, seront essentielles.

Une motivation forte pour la recherche académique, un esprit critique développé et une capacité d'adaptation aux contraintes de terrain et de laboratoire seront des qualités déterminantes.