Thèse Contribution des Plasmides à l'Adaptation Écologique et à la Virulence des Vibrios du Clade Harveyi H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : Interactions Hôtes-Pathogènes Environnements Direction de la thèse : DELPHINE DESTOUMIEUX-GARZON ORCID 0000000287939138 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 Le réchauffement des eaux côtières transforme la dynamique des écosystèmes marins et favorise l'expansion de bactéries opportunistes appartenant aux Vibrionaceae. Parmi elles, le clade Harveyi regroupe plusieurs pathogènes responsables d'épizooties affectant poissons, crustacés et mollusques, avec des impacts majeurs en aquaculture. Comprendre les mécanismes évolutifs et génétiques qui sous-tendent cette émergence constitue un enjeu central dans le contexte du changement climatique.
Les plasmides, éléments génétiques mobiles extra-chromosomiques, jouent un rôle clé dans la plasticité génomique bactérienne en véhiculant des déterminants impliqués dans la virulence, l'adaptation environnementale et les interactions hôte-microorganisme. Pourtant, leur contribution à la structuration des populations naturelles et à la dynamique écologique des vibrios marins demeure largement méconnue.

Cette thèse vise à décrypter le rôle des plasmides dans l'adaptation, la diversification et la virulence des vibrios du clade Harveyi, en combinant génomique, expérimentations en mésocosmes sous contraintes environnementales contrôlées, biologie cellulaire et approches de génétique fonctionnelle. Le projet ambitionne d'identifier les déterminants plasmidiques clés impliqués dans les trajectoires évolutives conduisant à l'émergence de pathogènes opportunistes.

En apportant une compréhension intégrée des liens entre éléments génétiques mobiles, adaptation écologique et virulence, ce travail contribuera à anticiper les risques sanitaires et zoosanitaires en aquaculture et à mieux prédire l'impact du changement climatique sur les maladies marines.
Les Vibrionaceae constituent un groupe central des microbiomes marins côtiers, combinant forte plasticité génomique et capacité d'adaptation rapide aux variations environnementales. Plusieurs espèces sont responsables d'infections affectant la faune marine et, dans certains cas, l'Homme. Le clade Harveyi représente un modèle particulièrement pertinent pour étudier les mécanismes d'émergence de pathogènes opportunistes, en raison de son implication croissante dans des épisodes infectieux en aquaculture et de sa sensibilité aux conditions environnementales.
L'évolution rapide des vibrios repose en partie sur la dynamique des éléments génétiques mobiles. Si l'importance des plasmides dans la dissémination de gènes d'intérêt est reconnue dans de nombreux systèmes bactériens, leur rôle écologique et évolutif dans les populations naturelles marines reste insuffisamment exploré. Mieux comprendre cette dimension est essentiel pour relier évolution bactérienne et dynamique des maladies dans un contexte de changement global. Les objectifs de la thèse seront de :
- Caractériser la diversité et la distribution des plasmides au sein des populations du clade Harveyi.
- Déterminer leur contribution à la structuration évolutive des populations bactériennes.
- Identifier les déterminants plasmidiques impliqués dans la virulence et la spécificité d'hôte.
- Évaluer le rôle des plasmides dans l'adaptation aux contraintes environnementales associées au réchauffement. Le projet reposera sur une approche intégrative combinant :
- génomique comparative et analyses pangénomiques (core/accessoire, plasmides, phylogénies),
- caractérisation bioinformatique et fonctionnelle de déterminants plasmidiques,
- expérimentations en mésocosmes simulant des scénarios environnementaux contrastés,
- validation par génétique fonctionnelle et analyses phénotypiques in vitro et in vivo.

Formation en microbiologie - écologie microbienne
Biologie moléculaire.
Intérêt pour les approches interdisciplinaires.
Analyses Omiques.