Thèse Étude du Rôle Écologique des Systèmes Anti-Eucaryotes chez les Vibrios du Clade Splendidus. H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : Interactions Hôtes-Pathogènes Environnements Direction de la thèse : Guillaume CHARRIERE ORCID 0000000247961488 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 Les changements globaux favorisent l'essor des bactéries du genre Vibrio dans les environnements marins, contribuant ainsi à l'émergence de pathogènes opportunistes. Ces bactéries possèdent de nombreux systèmes anti-eucaryotes, dont les systèmes de sécrétion de type VI (T6SS), qui jouent un rôle central. Si leur implication dans la virulence des pathogènes est bien connue, le rôle écologique de ces systèmes dans les interactions procaryote-eucaryote en milieu marin reste largement inexploré.

Ce projet de thèse vise à étudier le rôle écologique des systèmes anti-eucaryotes chez les vibrios du clade Splendidus. Pour ce faire, nous combinerons des approches expérimentales de microcosmes, des analyses de métabarcoding 16S/18S, l'analyse des génomes et des outils de génétique fonctionnelle, notamment par criblages de type TnSeq (Transposon Sequencing). L'objectif est d'analyser l'impact de ces systèmes sur la structuration des communautés microbiennes, la résistance à la prédation par les protistes, l'acquisition de ressources et la virulence.

Ce travail contribuera à une meilleure compréhension des liens entre écologie microbienne, fonctionnement des microbiomes marins et émergence de la virulence chez les pathogènes opportunistes.
Les interactions entre les amibes marines et les vibrios restent encore peu caractérisées, pourtant de nombreux vibrios pathogènes opportunistes pour les animaux marins sont capables de résister à la prédation par les amibes, voire de les utiliser comme véritable niche de réplication intracellulaire dans l'environnement. Les interactions entre les amibes et les bactéries sont connues comme pouvant jouer un rôle dans la dynamique et l'émergence de pathogènes (Légionnelles, Mycobactéries, Chlamydias...). Le projet s'intéressera donc à caractériser le rôle de ces interactions dans la dynamique des vibrios dans l'environnement marin et la régulation de leur virulence.

Le projet bénéficiera des infrastructures du laboratoire IHPE (salles de culture, microscopie, installation de pathologie expérimentale en milieu aquatique, moyens en séquençage haute-débit et ressources bio-informatiques) ainsi que de collections de vibrios marins et d'amibes marines de l'environnement marin côtier, mais aussi des moyens à disposition au sein d'Ifremer (plateforme expérimentale de Palavas, service de bioinformatique Sebimer, production d'huîtres standardisées Ifremer pour la recherche).
- Déterminer le rôle des T6SS anti-eucaryotes dans la résistance des vibrios à la prédation par les protistes hétérotrophes.
- Évaluer leur impact sur la structuration des communautés microbiennes marines.
- Identifier de nouveaux effecteurs et systèmes anti-eucaryotes et analyser leur trajectoire évolutive.
Au sein de l'environnement scientifique interdisciplinaire du laboratoire IHPE, le projet reposera sur la réalisation de microcosmes expérimentaux, des analyses de diversité microbienne par métabarcoding 16S/18S, des co-cultures Vibrio-amibes, de la biologie cellulaire, de la génétique fonctionnelle et des criblages à haut débit de type TnSeq (Transposon Sequencing).

Nous recherchons un candidat talentueux, détenteur d'un diplôme de master, qui possède un intérêt particulier pour les interactions hôte-pathogène.
Le candidat doit avoir des compétences fortes en bactériologie, biologie cellulaire et biologie moléculaire, ainsi qu'un intérêt pour les projets interdisciplinaires en lien avec l'écologie et l'évolution.
Une motivation pour la recherche fondamentale, des compétences pour l'analyse de la littérature et un esprit curieux et critique sont des qualités recherchées.
Des connaissances sur les outils de bio-informatique seraient bien venues.