Thèse Intéractions Bactériennes du Microbiote Vaginal H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : TransVIHMI - Recherches translationnelles sur le VIH et les Maladies Infectieuses Endémiques et Emergentes Direction de la thèse : CHARLOTTE BOULLE ORCID 0000000238006315 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Malgré son impact majeur pour la santé des femmes, nos connaissances sur le microbiote vaginal restent limitées. En particulier, les déterminants de la transition d'un état 'optimal' vers une dysbiose restent non-élucidés. Ce projet de thèse s'inscrit dans une démarche d'écologie de la santé et propose d'étudier les dynamiques inter-espcèces du microbiote vaginal. Différents axes de recherches seront abordés. Un premier s'intéressera à l'organisation de certaines espèces en biofilm bactérien. Les facteurs permettant leur formation ou affectant leur stabilité seront considérés. Un second axe de recherche s'attachera à établir des communautés bactériennes vaginales synthétiques. Les capacités de différentes espèces ou souches bactériennes à cohabiter seront évaluées, ainsi que leurs résistances à l'invasion par d'autres espèces ou leurs résistances aux antibiotiques. Le microbiote vaginal joue une rôle central dans la santé des femmes. Contrairement au microbiote intestinal, un microbiote vaginal 'optimal' présente une diversité réduite. Il peut être résumé à cinq communautés types, dénotées CST-I à V (pour community state types). Quatre d'entre elles sont dominées par une seule espèce de Lactobacilles, et la cinquième, en fait la CST-IV, est considérée comme dysbiotique, et présente une diversité plus élevée de bactéries anaérobies. Ces dysbioses sont fréquemment associées à des symptômes inflammatoires cliniques, regroupés sous le terme de vaginose bactérienne. Ces vaginoses touchent environ 20 % des femmes, et ont des conséquences importantes sur la santé. Par exemple, elles augmentent fortement le risque de naissance prématurée, ou d'acquisition d'infections sexuellement transmissibles (IST), comme le VIH. Malgré le fardeau associé en termes de santé publique, il n'existe pas de traitement satisfaisant puisque la récurrence des vaginoses après traitement antibiotique est de l'ordre de 50 % dans les 6 mois. L'objectif principal de cette thèse est d'évaluer la capacité de différentes espèces du microbiote vaginal à s'organiser en structures (biofilms ou communautés) et d'étudier les facteurs facilitant ou perturbant ces systèmes. Un objectif secondaire sera d'intégrer ces structures dans un contexte d'écologie de la santé en estimant notamment leur rôle dans la protection contre l'invasion par des espèces dysbiotiques ou la résistances aux traitements antibiotiques.
L'essentiel des méthodes envisagées relève de la microbiologie classique. Des approches complémentaires en microscopie à fluorescence et électronique seront considérées. L'écologie des interactions bactériennes sera aussi abordée à l'aide de techniques 'omiques'. Enfin, un système micro-fluidique (vagina-on-a-chip) récapitulant l'environnement vaginal pourra être utilisé pour intégrer ces interactions bactériennes en réponse à la muqueuse vaginale. Des approches statistiques adaptées seront appliquées pour analyser l'ensemble des résultats.

Compétences attendues et/ou à développer durant le projet doctoral :
- Intérêt pour la santé des femmes
- Microbiologie/Infectiologie
- Biologie moléculaire
- Microscopie à fluorescence et électronique
- Analyses bio-informatique (données omiques)
- Analyses statistiques
- Participation à la vie scientifique de l'équipe
- Lecture et écritures d'articles scientifiques