Thèse Déterminants de la Susceptibilité Aviaire au Virus West Nile une Approche One Health et Intégrative Combinant Virologie Moléculaire et Déterminants de l'Hôte dans la Pathogenèse H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : PCCEI - Pathogenèse et contrôle des infections chroniques et émergentes Direction de la thèse : Yannick SIMONIN ORCID 0000000234751369 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Le virus West Nile (WNV) est un arbovirus zoonotique émergent dont la circulation européenne s'est intensifiée ces dernières années avec une augmentation des cas d'infections chez l'homme et les trois premiers décès identifiés en France en 2025. Son cycle de transmission repose principalement sur des moustiques ornithophiles (principalement Culex pipiens) et une grande diversité d'hôtes aviaires, dont la susceptibilité à l'infection varie fortement selon les espèces. Certaines espèces jouent le rôle d'hôtes amplificateurs à forte virémie, tandis que d'autres, comme de nombreux corvidés, présentent des formes graves voire une mortalité élevée.Malgré des travaux substantiels en écologie virale, les déterminants cellulaires et moléculaires expliquant cette hétérogénéité de susceptibilité chez les hôtes naturels restent insuffisamment caractérisés.

Ce projet de thèse vise à combler cette lacune en combinant : (1) des approches d'écologie de terrain et de surveillance moléculaire du WNV chez les oiseaux (capture-échantillonnage-PCR-séquençage) pour identifier des espèces sensibles, susceptibles ou résistantes ; (2) de la virologie cellulaire et moléculaire centrée sur les réponses interféron de type I (IFNI), les facteurs de restriction (ISGs) et les stratégies d'échappement viral ; (3) des essais comparatifs d'infection avec différentes lignées de WNV pour comprendre comment des traits génétiques viraux (protéines NS, mutations de virulence) modulent la susceptibilité des hôtes ; et (4) l'intégration des données de terrain et expérimentales afin d'identifier des déterminants spécifiques aux espèces et aux lignées.

Ces travaux fourniront des éléments clés pour comprendre les mécanismes écovirologiques qui façonnent l'émergence du WNV et alimenteront l'évaluation du risque pour la faune sauvage, la santé vétérinaire et la santé publique humaine.
Le nombre de virus émergents transmis par les moustiques a augmenté au cours de la dernière décennie à l'échelle mondiale. Parmi eux, le virus du Nil occidental (WNV), un orthoflavivirus (genre Flavivirus ; famille Flaviviridae) est en plein expansion dans différents pays européens. Ce virus suit principalement un cycle enzootique impliquant les moustiques et les oiseaux, mais il peut également infecter les humains et d'autres mammifères qui sont des hôtes accidentels du cycle de transmission.

Chez les vertébrés, l'infection peut entraîner des manifestations allant d'un syndrome fébrile léger à des troubles neurologiques sévères. La circulation de ce virus chez les moustiques, les humains et les animaux reste encore insuffisamment étudiée, et les mécanismes physiopathologiques, en particulier ceux liés à la neurovirulence, sont encore mal compris. 1. Caractériser la circulation du WNV chez les hôtes aviaires
- Identifier les espèces aviaires sensibles, susceptibles et résistantes dans des zones d'étude ciblées en France méridionale.
- Détecter et quantifier l'infection par WNV dans le sang, les écouvillons cloacaux/oropharyngés et les plumes (RTqPCR, sérologie).
- Cartographier la circulation spatiale, les zones de risque et les espèces les plus impliquées dans l'amplification virale.
2. Identifier les déterminants cellulaires et moléculaires de la susceptibilité
- Comparer les cinétiques d'induction de l'IFNI, l'expression des ISGs et l'efficacité des restrictions antivirales entre espèces.
- Utiliser des cellules primaires aviaires (fibroblastes, macrophages) issues d'espèces sensibles versus résistantes.
- Évaluer les stratégies d'échappement viral médiées par les protéines NS (NS1, NS2A, NS4B, NS5).
3. Caractériser les déterminants viraux de la virulence et du spectre d'hôtes
- Tester plusieurs lignées de WNV circulant en Europe et caractériser leurs phénotypes de réplication et de neurovirulence in vitro.
- Identifier des mutations associées à une réplication accrue, à l'antagonisme de l'IFN et à la neuroinvasion/neurovirulence.
4. Intégrer les données de terrain et les données expérimentales
- Relier les profils de susceptibilité des espèces aux caractéristiques des lignées virales (génomique, phénotypes).
- Employer des isolats de terrain pour valider en laboratoire les hypothèses sur les déterminants hôtevirus.
- Explorer les implications pour l'infection humaine et l'évaluation du risque. Échantillonnage de terrain et épidémiologie
- Captures ciblées d'oiseaux à l'aide de filets japonais dans des zones à haut risque de circulation.
- Échantillonnage des individus capturés : sang, écouvillons cloacaux et oropharyngés, plumes.
- Dépistage du WNV par RTqPCR panlignées et analyses sérologiques (ELISA, MNT).

Virologie et biologie moléculaire
- Infections in vitro sur cellules primaires issues d'espèces sensibles et résistantes.
- Quantification des réponses IFNI/ISG et analyse des cinétiques de réplication virale.
- Etude des facteurs antiviraux et les stratégies d'échappement.
- Tests comparatifs de souches et lignées représentatives de WNV circulant en Europe.

Génomique et phylogénie
- Séquençage ciblé des génomes viraux (MinION, Illumina).
- Analyses phylogénétiques, phylogéographiques et suivi de l'évolution des lignées en circulation.

Le candidat devra posséder de solides connaissances de base en virologie, en immunologie antivirale et en biologie cellulaire. Il/elle participera à des expérimentations in vitro incluant infections virales sur cellules primaires aviaires, analyses des réponses IFNI/ISG, approches de gain/perte de fonction, ainsi qu'à des travaux de terrain (capture et échantillonnage d'oiseaux, dépistage moléculaire et sérologique). Des compétences en biologie moléculaire, en génomique virale (RTqPCR, séquençage, analyses phylogénétiques) et/ou en épidémiologie seraient un atout.
Une forte motivation pour travailler à l'interface écologie-virologie-immunologie, des capacités d'organisation et un bon niveau d'anglais scientifique sont attendus

• PCR