Thèse Rôle des Lncrnas Subtélomériques dans la Régulation des Gènes Var chez Plasmodium Falciparum H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : LPHI - Laboratory of Pathogens and Host Immunity Direction de la thèse : Jose-Juan LOPEZ-RUBIO ORCID 0000000205551122 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Le paludisme causé par Plasmodium falciparum demeure un problème majeur de santé publique. Une des principales raisons de la persistance du parasite chez l'hôte est sa capacité à échapper à la réponse immunitaire grâce à la variation antigénique, un processus principalement porté par la famille multigénique var, qui code les protéines d'adhésion PfEMP1. L'expression des gènes var est strictement régulée, selon un mode monoallélique, mais les mécanismes qui relient l'organisation subtélomérique du génome à cette régulation restent encore incomplètement compris.

Des données récentes suggèrent que des ARN longs non codants issus des régions subtélomériques TARE (lncTAREs) pourraient participer à cette régulation. Le projet de thèse vise à déterminer si ces lncRNAs contribuent au contrôle de l'expression des gènes var et plus largement à l'organisation fonctionnelle des extrémités chromosomiques. Le travail reposera sur des lignées transgéniques déjà disponibles, notamment des lignées surexprimant certains lncTAREs et des mutants délétés pour des régions TARE spécifiques.

Le doctorant analysera l'impact de ces perturbations sur l'expression des gènes var, sur l'état transcriptionnel global du parasite, et sur certaines propriétés de la chromatine subtélomérique. Le projet combinera parasitologie moléculaire, génétique fonctionnelle, analyses transcriptomiques, approches ciblant les interactions ARN-chromatine, et bioinformatique. Il permettra d'explorer un mécanisme original de régulation génique chez un parasite humain majeur.

Au-delà de l'intérêt fondamental, ce travail pourrait identifier de nouveaux principes de contrôle épigénétique et de nouvelles vulnérabilités moléculaires du parasite. La thèse offrira ainsi une formation interdisciplinaire solide à l'interface entre biologie moléculaire, génomique, épigénétique et infectiologie Chez Plasmodium falciparum, la famille var code les protéines PfEMP1, qui jouent un rôle central dans l'adhérence cellulaire et l'échappement immunitaire. Le parasite n'exprime en général qu'un seul gène var à la fois, ce qui permet une variation antigénique successive au cours de l'infection. Cette expression monoallélique repose sur des mécanismes épigénétiques complexes, impliquant l'hétérochromatine subtélomérique, l'organisation nucléaire et des facteurs de régulation encore imparfaitement identifiés.

Les régions subtélomériques TARE sont présentes à la majorité des extrémités chromosomiques du parasite et constituent des éléments répétitifs associés à l'architecture des chromosome ends. Des observations récentes du laboratoire suggèrent que des ARN longs non codants produits à partir de ces régions pourraient moduler l'expression des gènes var. Ces résultats ouvrent une question nouvelle : les lncTAREs participent-ils activement au maintien ou à la perturbation des états d'expression des gènes de virulence ? Répondre à cette question permettrait d'éclairer un niveau de régulation encore peu exploré dans le parasite du paludisme.

In Plasmodium falciparum, the var gene family encodes the PfEMP1 proteins, which play a central role in cytoadherence and immune evasion. The parasite generally expresses only one var gene at a time, allowing successive antigenic variation during infection. This monoallelic expression relies on complex epigenetic mechanisms involving subtelomeric heterochromatin, nuclear organization, and regulatory factors that remain only partially identified.

The subtelomeric TARE regions are present at most chromosome ends of the parasite and represent repetitive elements associated with chromosome-end architecture. Recent observations from the laboratory suggest that long noncoding RNAs transcribed from these regions may modulate var gene expression. These findings raise a new question: do lncTAREs actively contribute to the maintenance or disruption of virulence gene expression states? Addressing this question would shed light on a still poorly explored level of gene regulation in the malaria parasite.

Master 2 ou diplôme équivalent en biologie moléculaire, génétique, microbiologie, parasitologie, biologie cellulaire ou domaine proche. Une forte motivation pour la recherche expérimentale est indispensable. Le candidat devra avoir un goût marqué pour la biologie moléculaire, une bonne rigueur expérimentale, une capacité d'analyse critique, ainsi qu'une réelle motivation pour travailler sur un projet à l'interface entre parasitologie, génomique et épigénétique. Une expérience préalable en culture cellulaire, analyses d'ARN, PCR quantitative, clonage, ou bioinformatique constituera un atout, sans être strictement indispensable. Un bon niveau d'anglais scientifique écrit et oral est attendu

• Clonage