Thèse des Microglies Humaines Induites à Partir de Cellules Pluripotentes pour Décrypter le Potentiel Thérapeutique de Clec7a dans la Maladie d'Alzheimer H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : INM - Institut des Neurosciences de Montpellier Direction de la thèse : Carole CROZET ORCID 0000000272927046 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 La maladie d'Alzheimer est une pathologie neurodégénérative complexe, caractérisée par une accumulation progressive de peptides amyloïdes, des altérations de Tau, des dysfonctionnements synaptiques et un déclin cognitif. Si les neurones ont longtemps été considérés comme les principaux acteurs de la maladie, les études génétiques récentes ont mis en évidence le rôle déterminant des cellules gliales, et en particulier microgliales, dans l'initiation et la progression des processus pathologiques. Parmi les gènes associés à la microglie, CLEC7A apparaît comme un marqueur précoce de la réactivité microgliale dans la maladie d'Alzheimer et comme une cible thérapeutique potentielle dans cette pathologie. Toutefois, sa contribution précise aux fonctions microgliales humaines et à la neuroinflammation précoce reste encore mal comprise.
Ce projet de thèse vise à décrypter le rôle de CLEC7A dans les microglies humaines en s'appuyant sur des modèles dérivés de cellules souches pluripotentes induites humaines (hiPSC). L'hypothèse centrale est que CLEC7A le profil transcriptionnel et les fonctions effectrices des microglies, et qu'il influence ainsi l'émergence et l'évolution des altérations de type Alzheimer dans des réseaux neuronaux humains immunocompétents. En s'affranchissant des limites des modèles murins et des tissus post-mortem humains, cette approche permettra d'étudier des mécanismes de la maladie dans un contexte cellulaire humain pertinent.
Le projet reposera sur la génération de lignées hiPSC invalidées pour CLEC7A par technologie CRISPR/Cas9, à partir de plusieurs lignées contrôle et Alzheimer, incluant des formes familiales et sporadiques. Ces hiPSC seront différenciées en cellules microgliales induites (iMGL), puis caractérisées sur les plans moléculaires et fonctionnels. Une première partie du travail consistera à déterminer l'impact de l'absence de CLEC7A sur le transcriptome et le protéome des iMGL par approches de séquençage d'ARN et d'analyse du protéome. L'effet de cette invalidation sera aussi analysé sur des fonctions microgliales clés impliquées dans la physiopathologie de la maladie d'Alzheimer, notamment la phagocytose, la libération de cytokines inflammatoires et la production d'espèces réactives de l'oxygène.
Dans un second axe, les iMGL contrôle et déficientes pour CLEC7A seront intégrées dans des réseaux neuronaux humains 2D, 3D et organoïdes cérébraux dérivés d'hiPSC afin de reconstituer des environnements neuronaux immunocompétents. Ces modèles permettront d'évaluer l'impact de la déficience microgliale en CLEC7A sur l'organisation des réseaux neuronaux, la viabilité neuronale, la morphologie synaptique et le développement de signatures de type Alzheimer, telles que l'agrégation amyloïde, les altérations de Tau et les perturbations neuro-inflammatoires. Cette stratégie expérimentale permettra d'étudier, avec une résolution à la fois cellulaire et temporelle, comment les microglies humaines contribuent aux premiers événements pathologiques de la maladie.
Au-delà d'une meilleure compréhension des fonctions de CLEC7A dans la microglie humaine, ce projet a pour ambition de valider ce récepteur comme cible potentielle pour une intervention précoce dans la maladie d'Alzheimer. Plus largement, cette thèse contribuera au développement de modèles humains innovants pour l'étude de la neuroinflammation et à l'identification de nouvelles stratégies de modulation des interactions microglie-réseaux neuronaux dans les maladies neurodégénératives.
La maladie d'Alzheimer (MA) est une pathologie neurodégénérative progressive encore sans traitement curatif efficace, dont l'impact humain, sociétal et économique ne cesse de croître. Les études génétiques humaines ont mis en évidence le rôle central des microglies dans la physiopathologie de la MA, en montrant que de nombreux gènes de risque y sont exprimés. CLEC7A est un gène microglial qui apparaît comme un marqueur précoce de la réactivité microgliale et une cible thérapeutique potentielle. Ce récepteur est impliqué dans des fonc-tions clés telles que la phagocytose, la sécrétion de cytokines et la production d'espèces réac-tives de l'oxygène, mais son rôle exact dans les microglies humaines reste encore mal défini.
Les modèles murins ont permis des avancées importantes, mais leur portée translationnelle demeure limitée du fait de différences significatives entre microglies murines et humaines. De plus, les tissus humains post-mortem renseignent essentiellement sur des stades tardifs de la maladie. Dans ce contexte, les modèles dérivés de hiPSC offrent une opportunité unique d'étudier la microglie humaine dans un cadre expérimental contrôlé. Les travaux préliminaires de l'équipe de C. Crozet en collaboration avec H. Hirbec ont permis de développer des proto-coles robustes de génération d'iMGLs et de réseaux neuronaux humains 2D et 3D, et ont montré que les iMGLs issues de patients Alzheimer présentent des altérations transcripto-miques et fonctionnelles spécifiques. L'intégration de ces cellules dans des réseaux neuro-naux 3D immunocompétents a également mis en évidence la pertinence de ce modèle pour étudier les événements précoces de la MA.
Le projet IMPACT propose ainsi d'exploiter ces modèles humains innovants pour déterminer le rôle de CLEC7A dans les microglies humaines et dans les interactions microglie-neurones au cours des stades précoces de la maladie d'Alzheimer.
Ce projet de thèse a pour objectif de déterminer le rôle de CLEC7A dans les microglies humaines dans un modèle cellulaire de la maladie d'Alzheimer. Il s'agira d'abord de générer des lignées hiPSC invalidées pour CLEC7A et de les différencier en microglies induites humaines (iMGLs). Le travail visera ensuite à caractériser l'impact de cette invalidation sur le profil transcriptomique des microglies ainsi que sur plusieurs fonctions clés impliquées dans la physiopathologie de la maladie, telles que la phagocytose, la sécrétion de cytokines inflammatoires et la production d'espèces réactives de l'oxygène.
Dans un second temps, ces microglies seront intégrées dans des réseaux neuraux humains (2D, 3D et organoïdes cérébraux), dérivés d'hiPSCs, afin d'évaluer l'impact de la déficience en CLEC7A sur les interactions microglie-neurones et sur le développement d'altérations de type Alzheimer, incluant les dépôts amyloïdes, les anomalies de Tau, les perturbations synaptiques et la viabilité neuronale.
L'intégration des données moléculaires et fonctionnelles permettra d'identifier les voies biologiques contrôlées par CLEC7A et d'évaluer la pertinence de ce récepteur comme cible thérapeutique précoce dans la maladie d'Alzheimer.Le projet reposera sur l'utilisation de modèles cellulaires humains dérivés de cellules souches pluripotentes induites (hiPSC) afin d'étudier le rôle de CLEC7A dans les microglies humaines au cours des stades précoces de la maladie d'Alzheimer.
Plusieurs lignées hiPSC sont disponibles, incluant des lignées contrôle, des lignées issues de formes familiales et sporadiques de la maladie d'Alzheimer, ainsi que des contrôles isogéniques. À partir de ces modèles, des lignées déficientes pour CLEC7A seront générées par édition génomique CRISPR/Cas9, afin de disposer d'outils expérimentaux permettant d'analyser l'impact spécifique de ce récepteur dans différents contextes génétiques.
Ces hiPSC seront ensuite différenciées en cellules iMGLs à l'aide de protocoles déjà établis. Les iMGLs obtenues seront ensuite caractérisées aux niveaux moléculaire et fonctionnel pour déterminer l'impact de l'absence de CLEC7A. Leur profil transcriptomique sera analysé par RNA-seq et protéomiques afin d'identifier les voies de signalisation et les programmes géniques dépendants de ce récepteur. En parallèle, plusieurs fonctions microgliales impliquées dans la physiopathologie de la maladie d'Alzheimer seront étudiées, notamment la phagocytose de peptides amyloïdes et de synaptosomes, la sécrétion de cytokines inflammatoires et la production d'espèces réactives de l'oxygène.
Dans un second temps, les iMGLs contrôle et déficientes pour CLEC7A seront intégrées dans des réseaux neuronaux humains 2D, 3D et Oranoides cérébraux dérivés de hiPSC afin de reconstituer des environnements neuronaux immunocompétents. Ces modèles permettront d'étudier les interactions entre microglies et neurones dans un contexte humain pertinent, et d'évaluer l'impact de la déficience en CLEC7A sur la morphologie et les fonctions microgliales, mais aussi sur la viabilité neuronale, la morphologie synaptique et l'organisation des réseaux neuronaux.
Enfin, des réseaux neuronaux 3D de type Alzheimer seront utilisés pour déterminer comment l'absence de CLEC7A dans les microglies influence l'apparition de phénotypes pathologiques caractéristiques de la maladie. Seront notamment analysés les dépôts amyloïdes, les altérations de Tau, les perturbations synaptiques et les réponses neuro-inflammatoires.

Le/la candidat(e) devra posséder une solide formation en biologie cellulaire et moléculaire, avec un intérêt marqué pour les neurosciences et les maladies neurodégénératives.
Des compétences en culture cellulaire et idéalement en manipulation de cellules souches pluripotentes (iPSC) ou en modèles 3D (organoïdes) seront fortement appréciées mais pas obligatoires.
Une expérience en analyse de données, notamment en statistiques (R, Python) et en analyse de données de séquençage (RNA-seq, single-cell), est souhaitée.
Le/la candidat(e) devra faire preuve de rigueur scientifique, d'autonomie, d'esprit critique et d'une capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire.