Thèse Investigations One Health sur des Cas de Brucellose Causés par une Nouvelle Espèce de Brucella dans les Néotropiques H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : VBIC- Virulence Bactérienne et Infections Chroniques Direction de la thèse : Anne KERIEL ORCID 000000033340299X Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 La brucellose est une zoonose causée par des bactéries du genre Brucella. Plusieurs millions de personnes sont infectées chaque année, notamment dans les zones rurales des pays en développement. La transmission se produit lors d'ingestion de produits animaux ou par contact avec leurs fluides biologiques. Nous avons récemment découvert Brucella amazoniensis, une nouvelle espèce responsable de plusieurs cas humains répartis dans les néotropiques (une zone qui s'étend de l'Amérique du Sud au Mexique). Des recherches d'envergure ont été lancées avec des collaborateurs en Guyane française, au Mexique et au Costa Rica pour caractériser cette nouvelle situation épidémiologique.

Le projet de recherche doctoral s'intéressera à la fois à l'état des lieux de la brucellose en Guyane française (où a initialement été isolée B. amazoniensis) et aux animaux hôtes potentiels de ce pathogène émergent. L'identification du réservoir permettrait de prévenir la brucellose dans cette région du monde. La brucellose est une maladie infectieuse causée par des bactéries du genre Brucella affectant principalement les animaux mais pouvant être transmise à l'Homme. Cette zoonose, parmi les plus fréquentes dans le monde (2 à 4 millions de nouveaux cas/an), affecte surtout les zones rurales d'Amérique du Sud et Centrale, d'Afrique et d'Asie [1]. Elle est notamment endémique au Mexique (incidence la plus élevée d'Amérique Latine) et au Costa Rica.
Le diagnostic de la brucellose humaine est difficile à établir car ses manifestations cliniques peuvent être très variées, ce qui lui a valu le nom de « maladie aux cents visages ». Sa forme symptomatique se présente initialement comme un syndrome grippal avec une fièvre aiguë et peu de signes localisés. Elle peut évoluer vers une maladie chronique avec fièvre, fatigue intense, transpiration et douleurs diffuses. Le cas mortels (<5%) sont liés à l'atteinte du système cardiaque ou nerveux [2]. Le traitement nécessite la prise de deux antibiotiques pendant au moins six semaines, et des rechutes peuvent survenir (5 à 15 % des cas). Il n'existe pas de vaccin pour l'homme.
Plusieurs espèces de Brucella sont répertoriées, parmi lesquelles quatre étaient (jusqu'à récemment) considérées comme pathogènes pour l'Homme : B. abortus (transmis par les bovins), B. melitensis (petits ruminants), B. suis (suidés) et, dans une moindre mesure, B. canis (chiens) [4]. La transmission se produit principalement par ingestion de produits laitiers crus ou de viande insuffisamment cuite ou par contact avec des tissus animaux infectés [2,3]. La présence de Brucella dans la faune sauvage est également décrite sur tous les continents.
Nous avons récemment découvert une nouvelle espèce de Brucella en Guyane française [5,6]. Cette espèce, baptisée B. amazoniensis, a causé plusieurs cas humains de brucellose dans cette région d'outre-mer majoritairement recouverte par la forêt amazonienne. Plusieurs autres cas ont ensuite été identifiés : 4 aux États-Unis (dont 2 ayant séjourné au Mexique), 1 au Brésil et 1 au Costa Rica. B. amazoniensis est par ailleurs génétiquement proche de l'espèce B. nosferati, isolée chez des chauves-souris vampires au Costa Rica [7], laissant supposer l'existence d'un hôte intermédiaire qui pourrait servir de réservoir. Notre hypothèse de travail est que ce réservoir fait partie de la faune sauvage de la zone néotropicale (qui s'étend de l'Amérique du Sud jusqu'au Mexique).

Le projet de recherche doctorale s'inscrira dans le cadre d'un large consortium international incluant des scientifiques, professionnels de santé, vétérinaires et acteurs de terrain en Guyane française, au Costa Rica et au Mexique. Nous tenterons collectivement de caractériser cette situation épidémiologique avec une approche intégrative (dite « One Health »). Il nous faudra en effet caractériser cette espèce émergente et comprendre sa prévalence. Nous tenterons également d'identifier sa niche environnementale dans un écosystème complexes, ses organismes hôtes et les voies de transmission à l'Homme pour définir des mesures de prévention appropriées.
Le/la doctorant(e) sera plus spécifiquement impliqué(e) dans les approches ci-dessous.

1) Caractériser les cas de brucellose causés par B. amazoniensis :

La présence de brucellose en Guyane française étant une notion nouvelle, nous avons commencé à caractériser cette situation, notamment via des études de séroprévalence rétrospectives. Une première étude menée sur un panel d'orpailleurs clandestins a montré que cette population vulnérable est effectivement exposée à des Brucella, en particulier près du fleuve Maroni où 3 cas à B. amazoniensis ont été identifiés [8]. Nos partenaires en Guyane mettent désormais à notre disposition deux autres collections de sérums : une récoltée sur la totalité du territoire de Guyane, et l'autre plus spécifiquement le long du fleuve Maroni. Ces nouvelles études pourraient permettre d'identifier des facteurs de risque d'exposition aux Brucella en Guyane.2) Identifier le réservoir animal :

Pour identifier des animaux susceptibles d'héberger cette nouvelle espèce de Brucella, nous avons commencé à analyser les collections d'échantillons de nos différents partenaires (Institut Pasteur de Guyane, Office Français de la Biodiversité, Université du Costa Rica, laboratoires de Référence au Mexique). Selon la nature des échantillons, ceux-ci sont analysés par sérologie, biologie moléculaire (PCR) et/ou culture bactérienne grâce à des protocoles préalablement adaptés, optimisés et validés pour permettre un criblage sur une grande variété d'espèces animales.
Nos données préliminaires ont déjà identifié 4 espèces de la faune sauvage néotropicale (y compris des chauves-souris vampires) pouvant être hôte de Brucella. Ce volet doit être poursuivi (plus de 2500 échantillons à analyser), et sera éventuellement complété par des captures d'animaux pour vérifier s'ils sont effectivement porteurs de B. amazoniensis. L'établissement du statut de « réservoir » nécessitera de prouver qu'un hôte est non seulement porteur, mais aussi transmetteur du pathogène.

3) Améliorer le diagnostic de la brucellose sur des territoires difficiles d'accès :

Dans le cadre de notre rôle de Centre National de Référence (CNR) des Brucella, nous tentons d'améliorer les outils de détection et de diagnostic. Un de nos objectifs est de développer des tests itinérants, low-tech (sans d'électricité) et facile à utiliser par des personnes non qualifiées pour faciliter le dépistage sur le terrain. Nous avons par exemple développé deux tests rapides : une sérologie (5 min) et une méthode de détection des Brucella (1h). Ces tests devront être validés cliniquement, en les appliquant aux collections d'échantillons animaux sains ou brucelliques de plusieurs partenaires (ANSES à Maisons-Alfort, Mexique, Costa Rica). Ils seront ensuite déployés sur le terrain, notamment lors des programmes de capture menés dans les pays partenaires. Ils pourront aussi être diffusés dans tous les pays où la brucellose est endémique. La recherche proposée s'inscrira dans un projet international One Health visant à caractériser une situation épidémiologique liée à une nouvelle espèce bactérienne récemment découverte dans les néotropiques (zone qui s'étend de l'Amérique du Sud au Mexique). Il est en effet indispensable de : caractériser ce pathogène émergent, détecter sa présence chez différents animaux, comprendre la chaîne de transmission au sein d'un environnement particulièrement complexe, déterminer les facteurs sociaux favorisant l'infection et évaluer ses conséquences chez l'Homme ou l'animal.

Le projet doctoral portera plus spécifiquement sur l'identification :
- des populations humaines les plus exposées à ce pathogène,
- d'animaux porteurs de cette bactérie, et l'éventuel lien trophique qui les relie,
- les types d'interface humains/animaux et faune sauvage/animaux d'élevage,
- les pratiques (culturelles, d'élevage...) favorisant sa transmission zoonotique. Nous criblerons des collections d'échantillons déjà disponibles auprès de plusieurs partenaires :
- en Guyane : l'Institut Pasteur/association Kwata (https://kwata.net/gestion-collection-biologique), l'OFB (Office Français de la Biodiversité) et le CHU de Guyane,
- les laboratoires de Référence pour la brucellose humaine ou animale au Mexique et au Costa Rica.
L'importation de ces échantillons se fera dans le strict respect du Protocole de Nagoya et autres règlementations liées à la recherche sur les espèces animales protégées.

Selon la nature des échantillons, plusieurs types d'analyses seront réalisées :
1) Sérologies : Les tests sérologiques détectent une exposition aux Brucella. Ils sont très sensibles et spécifiques. Nous avons déjà optimisé deux tests complémentaires permettant de détecter des anticorps anti-Brucella quelle que soit l'espèce animale d'origine des sérums.
2) RT-PCR : Une PCR en temps réel a été optimisée pour détecter de très faibles quantités d'ADN de Brucella dans des échantillons « complexes » (organes, sang, selles, salive...) grâce à une étape de pré-amplification spécifique.
3) Culture bactérienne : Les échantillons dont les ADN sont positifs en RT-PCR pourront être cultivés sur des milieux gélosés sélectifs pour les Brucella.
4) Typage moléculaire : Nous avons développé une PCR multiplex qui permet de discriminer B. amazoniensis des autres espèces de Brucella.

En parallèle, nous validerons des outils pour le criblage sur le terrain. Un partenariat avec un FabLab a déjà été initié pour concevoir les prototypes de plusieurs outils. Les tests de détection seront ensuite validés cliniquement sur des collections d'échantillons animaux sains ou brucelliques de plusieurs partenaires. A terme, nous souhaitons pouvoir les déployer sur le terrain, notamment lors des programmes de capture menés en Guyane, au Mexique ou au Costa Rica.

Connaissances et/ou intérêts scientifiques :
Solides bases en microbiologie/bactériologie
Connaissance en zoonoses, épidémiologie des maladies infectieuses, écologie des hôtes et réservoirs animaux
Intérêt pour la faune sauvage et les interactions homme-animal

Maîtrise des techniques :
Extraction et analyse d'ADN (PCR, qPCR, séquençage, analyse de données génétiques)
Sérologies
Culture bactérienne (niveau de sécurité adapté aux agents pathogènes)
Expérience ou intérêt pour le travail sur le terrain (collecte d'échantillons animaux)
Statistiques appliquées à l'épidémiologie

Compétences linguistiques et interculturelles :
Bon niveau d'anglais scientifique (lecture, rédaction, communication)
La maîtrise de l'espagnol est un plus (collaborations en Amérique latine)
Capacité à travailler dans un contexte international et multiculturel

Qualités personnelles :
Autonomie, rigueur scientifique et sens de l'organisation
Esprit critique et capacité d'analyse
Motivation pour la recherche sur les maladies émergentes
Adaptabilité aux conditions de terrain (zones tropicales, rurales)
Bon relationnel et capacité à travailler en équipe

Contraintes et disponibilité :
Disponibilité pour des missions de terrain outre-mer
Respect strict des règles de biosécurité