Thèse Importance de l'Interaction Entre les Pathogènes Émergents d'Origine Environnementale du Genre Achromobacter et les Phagocytes dans les Infections Humaines Persistantes H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : VBIC- Virulence Bactérienne et Infections Chroniques Direction de la thèse : Annette VERGUNST ORCID 0000000243591491 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Le sujet du Doctorat d'Université proposé s'inscrit dans le cadre du réseau Doctoral Nexus et le projet EXPERT : « L'exposome microbien et les facteurs à l'origine des infections persistantes chez l'homme : une approche interdisciplinaire pour comprendre l'interaction entre les bactéries pathogènes d'origine environnementale et zoonotique et le système immunitaire inné de l'hôte ».
Ce réseau est composé de 5 chercheurs et de 3 doctorants travaillant chacun sur un axe indépendant au sein du thème commun EXPERT. Le projet Nexus intègre des approches expérimentales et utilise la modélisation mathématique pour décomposer l'hétérogénéité des réponses des macrophages et révéler la dynamique des processus qui déterminent l'établissement d'infections humaines persistantes après exposition.
L'exposome microbien comprend un large éventail d'agents pathogènes bactériens d'origine environnementale et alimentaire qui interagissent en permanence avec l'hôte humain. Certaines de ces bactéries peuvent provoquer des infections aiguës ou persister au sein de l'hôte pendant de longues périodes après l'exposition, donnant lieu à des infections chroniques, souvent invalidantes. Ces infections sont particulièrement réfractaires aux traitements antibiotiques et les patients sont sujets à des rechutes, ce qui en fait un problème de santé majeur pouvant entraîner des complications médicales, une détérioration de la qualité de vie, voire le décès.
Dans ce contexte, l'objectif principal du Doctorat d'Université proposé est d'étudier les interactions entre les pathogènes opportunistes d'origine environnementale du genre Achromobacter et différents phagocytes (macrophages mais aussi amibes reconnues comme un terrain d'entraînement au pouvoir pathogène chez l'Homme). Les bactéries appartenant au genre Achromobacter sont des bactéries à Gram négatif du groupe des bêta-protéobactéries ubiquitaire dans le sol et l'eau ; ce sont également des agents pathogènes opportunistes de l'Homme, principalement chez les populations vulnérables telles que les personnes immunodéprimées et celles atteintes de mucoviscidose. Ces bactéries sont capables de survivre dans les cellules eucaryotes, mais les mécanismes d'infection demeurent méconnus. En laboratoire, un modèle d'embryon de poisson-zèbre a été mis au point pour étudier la pathogénicité d'isolats d'Achromobacter spp., provenant de diverses sources (environnements, patients), montrant que ces bactéries sont très persistantes chez l'hôte. Globalement, l'acquisition de connaissances sur la menace potentielle que représentent ces bactéries environnementales pour la santé humaine fournira des informations qui pourront orienter la conception de futurs traitements antimicrobiens. Achromobacter spp. are Gram-negative beta-proteobacteria ubiquitously found in soil and water, and opportunistic human pathogens, mostly in vulnerable populations like immunocompromised individuals and people with cystic fibrosis (CF). These bacteria are able to survive in eukaryotic cells, although not much is known yet about the infection mechanisms.
H. Marchandin (HSM) has expertise on Achromobacter spp. (1) and a large collection of phenotypically and genetically-characterized Achromobacter spp. originating from diverse environments (soil, water, ...), as well as from clinical samples of CF and non-CF patients for whom environmental exposure is the main source of infections (particularly chronic respiratory tract infections and catheter-related bacteraemia). Particularly, in vitro production of siderophores, antibiotic resistance, as well as ability to form biofilms has been previously investigated (2).
- Based on the expertise developed with the zebrafish embryo / Burkholderia cenocepacia infection model (3,4), the Vergunst lab has developed a zebrafish embryo model to study Achromobacter virulence. The zebrafish is a potent vertebrate model for the study of important infectious human disease, and has revolutionized our knowledge of an interaction of microbes with host phagocytes and the innate immune system (5). Its success as biomedical research model is due to strong similarities of its immune system with that of humans and the unprecedented possibilities of non-invasive multi-colour fluorescence imaging of host-pathogen interactions in the transparent embryos at high resolution. Transgenic reporter fish lines make it possible to study host-pathogen interactions at the sub-cellular level in real time. Preliminary data show that Achromobacter can survive and persist in macrophages.
The PhD project contributes to better understanding the bacteria/phagocyte interaction during persistent infection caused by Achromobacter spp. using both zebrafish embryos and amoebae. Potential virulence traits and bacterial factors contributing to persistence (biofilms) will be analysed in vitro and in vivo. - Host transcriptome (RNASeq) and qRT-PCR analyses to study changes in host response upon infection.
- Real time analysis using epi-fluorescence and confocal microscopy (including bacterial localization at the subcellular level, interaction with specific host cells using transgenic zebrafish lines). Analysis of macrophage polarisation will be performed during a secondment in the LPHI laboratory.
- Creation of mutants in specific bacterial determinants and analyse the impact of mutations on virulence and persistence traits, both in vitro and in vivo.
- Development of a new model for Achromobacter using the social amoeba Dictyostelium discoideum.

Pour candidater, les candidats doivent contacter les directeurs de thèse (****@****.**, ****@****.**) et leur envoyer par mail les pièces nécessaires à la candidature, en mettant en copie le porteur du Nexus (****@****.**) et l'Institut ExposUM (****@****.**). La candidature via l'ADUM n'est ni requise ni demandée. La sélection des candidats est indépendante du concours, la date limite de candidature auprès des directeurs de thèse est le 4 mai 2026.
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