Thèse Cartographie des Gènes d'Immunoglobulines et des Recepteurs de Cellules t chez les Différentes Races de Chiens Selon les Standards Imgt H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : IGH - Institut de Génétique Humaine Direction de la thèse : Sofia KOSSIDA ORCID 0000000324820022 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Au fil des millénaires, la sélection des chiens domestiques (Canis lupus familiaris) a donné naissance à une diversité génétique extraordinaire, soulignant ainsi la nécessité de mener des recherches génomiques et immunogénétiques approfondies. Nous émettons l'hypothèse que les loci des immunoglobulines (IG) présentent des divergences significatives entre les races et que leur annotation complète reste difficile en raison de la complexité du séquençage et de l'assemblage de ces régions similaires hautement répétées.
Pour y remédier, des assemblages génomiques de haute qualité générés à l'aide d'un séquençage à lecture longue permettront d'améliorer considérablement l'annotation des loci IG. Grâce à une collaboration entre l'IGDR et l'IMGT, nous tirerons parti :
- de 100 assemblages génomiques à lecture longue (PacBio) couvrant plus de 27 races distinctes, et
- de l'expertise de l'IMGT en matière d'annotation des loci IG et de biocuration.
Ce travail fournira une analyse complète des loci d'immunoglobulines (IGH, IGK et IGL) chez plusieurs races de chiens, dans le but de :
1. Identifier les variations structurelles, les polymorphismes et la diversité génétique spécifiques à chaque race,
2. Évaluer leur pertinence pour l'immunologie canine et les diagnostics vétérinaires, et
3. Enrichir la base de données de référence IMGT®, en améliorant sa représentativité parmi les races.
L'étudiant analysera plus de 100 assemblages de génomes canins afin de caractériser la diversité des loci IG, en mettant l'accent sur les variations structurelles et les polymorphismes fonctionnels, dans le but ultime d'étendre l'utilité de l'IMGT® pour la recherche vétérinaire et les applications cliniques.
Ce travail est effectué en collaboration entre l'IMGT, qui apporte son expertise internationale dans la caractérisation et l'annotation des loci d'immunoglobulines chez de multiples espèces, et l'équipe de génétique canine de l'IGDR, spécialisée dans l'analyse et l'assemblage du génome canin.
Dans le cadre de ce projet, l'équipe de génétique canine de l'IGDR mettra à disposition 100 assemblages de génomes canins, générés par séquençage long-read (PacBio). Ces données représentent plus de 25 races et sont issues du projet GOLDogs, financé par France Génomique (https://www.france-genomique.org/projet/goldogs). Ces ressources permettront une analyse approfondie des loci d'immunoglobulines et une biocuration rigoureuse grâce à l'expertise complémentaire des deux équipes.

Le/la doctorant/e doit posséder une solide expérience en bio-informatique et en biostatistique. Une expérience antérieure dans le cadre de stages liés à l'utilisation et/ou au développement de pipelines bio-informatiques (NextFlow) destinés à l'analyse de données à lecture longue serait un atout. Une formation en biologie moléculaire et/ou en génétique des populations serait également appréciée.