Thèse Liaison Ubx-Arn et Épissage Alternatif un Levier du Programme Musculaire au Cours du Développement H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : IGMM - Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier Direction de la thèse : Julie CARNESECCHI ORCID 0000000238722215 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 La régulation de l'expression des gènes par les facteurs de transcription (TF) est au coeur de la différenciation cellulaire et du développement des tissus. Au-delà de leur liaison à l'ADN, des données récentes indiquent que certains TF peuvent aussi interagir avec l'ARN et influencer l'épissage alternatif, une source majeure de diversité des isoformes impliquée dans le développement et dans plusieurs pathologies. Ce projet de thèse étudiera comment le TF Hox Ultrabithorax (Ubx) organise des programmes d'épissage au cours du développement musculaire chez la drosophile. L'étudiant(e) combinera la cartographie in vivo des contacts Ubx-ARN (iCLIP/approches de type CLIP) avec des analyses transcriptomiques et protéomiques à des stades musculaires définis, afin d'identifier des assemblages ARN-protéines centrés sur Ubx et leurs cibles d'épissage. Le projet mettra ensuite en place des stratégies de perturbation causale-édition génétique de régions d'ARN sélectionnées et interférence conditionnelle avec les interactions Ubx-ARN-pour tester comment des contacts et complexes spécifiques orientent le choix d'exons et la morphogenèse musculaire. En reliant la liaison d'Ubx, ses partenaires moléculaires et des perturbations ciblées à des effets mesurables sur l'épissage et à des phénotypes de développement, ce travail précisera comment des TF du développement confèrent de la spécificité au traitement de l'ARN in vivo, avec un intérêt conceptuel pour les maladies neuromusculaires liées à l'épissage. The project builds on previous research showing that transcription factors (TFs), such as Ubx, modulate splicing in specific tissue contexts, particularly in Drosophila embryonic muscles. The transcriptomics and proteomics tools for in vivo capture of Ubx-RNA and Ubx-protein interactions are already established, providing a solid foundation for the PhD project to begin smoothly and produce solid datasets. - In vivo Ubx-RNA mapping (CLIP-type approaches) in stage- and tissue-defined muscle contexts.
- Transcriptomics (RNA-seq) to quantify Ubx-RNA-dependent alternative splicing/isoform changes across developmental windows.
- Proteomics/interactomics to identify Ubx-associated RNA-binding partners and splicing-related assemblies.
- Causal perturbations: targeted editing of candidate RNA regions (CRISPR) and/or conditional interference with Ubx-RNA contacts (e.g., RNA masking / inducible perturbation tools).
- Validation & phenotyping: targeted RT-PCR/qPCR for splicing readouts plus quantitative muscle morphology assays (imaging-based).

Profil et compétences recherchées
Nous recherchons un(e) doctorant(e) très motivé(e), attiré(e) par des questions mécanistiques in vivo, et souhaitant travailler à l'interface entre transcription et traitement de l'ARN au cours du développement. Le profil idéal combine esprit critique et capacité de résolution de problèmes, rigueur scientifique, et goût du travail collaboratif. La personne devra être autonome au quotidien sur les expériences, tout en étant capable de discuter les résultats avec recul, de manière constructive, et de communiquer clairement (notamment en anglais) à l'écrit comme à l'oral.

Essentiel
- Master 2 (ou équivalent) en biologie moléculaire/cellulaire, génétique, biologie du développement, ou domaine proche
- Solides bases en biologie moléculaire (clonage, PCR, électrophorèse, notions de biochimie)
- Esprit analytique : capacité à interpréter des données, à penser de manière critique et à proposer des solutions en cas de difficultés expérimentales
- Capacité à travailler de façon autonome tout en s'intégrant dans un environnement d'équipe, collaboratif et interdisciplinaire
- Bonnes compétences en communication en anglais (écrit et oral), avec aptitude à présenter des résultats scientifiques de façon claire et concise
- Sens de l'organisation, fiabilité, et tenue rigoureuse du cahier de laboratoire / traçabilité des expériences

Très apprécié
- Expérience en génétique drosophile et/ou en biologie du développement (élevage, croisements, collectes d'embryons)
- Sensibilité/expérience en biologie de l'ARN (extraction ARN, RT-qPCR, notions RNA-seq / préparation de librairies)
- Familiarité avec la microscopie (préparation d'échantillons, imagerie confocale)
- Intérêt pour l'analyse quantitative et volonté d'interagir avec des bioinformaticiens (pas besoin de savoir coder de manière avancée, mais ouverture à apprendre)

Qualités personnelles
- Rigueur scientifique et attention aux détails
- Créativité pour aborder des problèmes complexes sous différents angles
- Attitude constructive face au feedback et aux itérations
- Envie réelle de travailler en équipe et de partager les connaissances