Thèse Développement de Seeding Amplification Assays pour la Caractérisation Conformationnelle des Polymorphes Amyloïdes d'A Associés à la Maladie d'Alzheimer H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : INM - Institut des Neurosciences de Montpellier Direction de la thèse : Joan TORRENT ORCID 0000000269084084 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 La maladie d'Alzheimer est marquée par l'accumulation d'assemblages amyloïdes du peptide A, dont la diversité conformationnelle pourrait contribuer à l'hétérogénéité biologique et clinique observée chez les patients. Si les biomarqueurs actuels permettent un diagnostic de plus en plus précoce, ils ne donnent pas un accès direct aux assemblages amyloïdes présents in vivo. Les Seeding Amplification Assays constituent une approche ultrasensible prometteuse pour détecter et amplifier des quantités infimes d'agrégats amyloïdes à partir de tissus ou de biofluides. Néanmoins, dans le cas d'A42, contrairement à tau ou à l'alpha-synucléine, il n'existe pas encore de cadre méthodologique véritablement établi et reproduit de façon consensuelle dans la communauté scientifique. Les conditions d'amplification classiquement utilisées, même lorsqu'elles reposent sur des échantillons concentrés en fibres A, favorisent fréquemment la nucléation secondaire et limitent ainsi la fidélité conformationnelle des assemblages amplifiés.
Ce projet vise à développer des conditions de SAA permettant une amplification robuste, reproductible et conformationnellement fidèle des polymorphes amyloïdes d'A. L'hypothèse centrale est qu'un contrôle fin des paramètres expérimentaux permet de favoriser l'élongation templée au détriment de la nucléation secondaire, et ainsi de préserver la signature structurale des agrégats initiaux. Pour cela, plusieurs substrats recombinants seront comparés, notamment A42, A40 et A42 Osaka, en combinaison avec des agrégats extraits de différents modèles murins transgéniques de la maladie d'Alzheimer.
L'effet de paramètres clés tels que la force ionique, la température, les conditions d'agitation ainsi que les concentrations relatives en substrat et en seeds sera étudié de manière systématique. Les produits d'amplification seront analysés par des approches complémentaires incluant la cinétique ThT, la digestion protéolytique, le SDS-PAGE, la FTIR, la microscopie TEM et AFM, ainsi que des sondes et anticorps conformationnels. L'objectif est de faire évoluer les SAA d'un simple outil de détection vers un véritable outil de caractérisation structurale, avec à terme une ouverture vers des applications diagnostiques et de stratification fondées sur les signatures conformationnelles des assemblages A
La diversité conformationnelle des agrégats d'A constitue aujourd'hui un enjeu majeur pour comprendre l'hétérogénéité de la maladie d'Alzheimer. Les biomarqueurs actuels, bien qu'efficaces pour le diagnostic précoce et la stratification des patients, ne renseignent pas directement sur la structure des assemblages amyloïdes présents in vivo. Les SAA représentent une approche prometteuse pour détecter et amplifier des quantités très faibles d'agrégats, mais leur application à A42 reste limitée par des problèmes de fidélité conformationnelle liés à la nucléation secondaire. Le développement de conditions d'amplification plus fidèles pourrait permettre de transformer ces approches en outils de caractérisation structurale, avec une portée diagnostique et translationnelle importante. Développer et valider des Seeding Amplification Assays permettant l'amplification robuste et conformationnellement fidèle de polymorphes amyloïdes d'A, afin de mieux caractériser leur diversité structurale et de préparer leur utilisation dans des matrices biologiques d'intérêt translationnel Le projet reposera sur une optimisation systématique des paramètres des SAA afin de favoriser l'élongation templée et de limiter la nucléation secondaire. Plusieurs substrats A recombinants seront comparés. Les agrégats utilisés comme seeds seront extraits de différents modèles murins transgéniques de la maladie d'Alzheimer. Les essais seront conduits d'abord sur tissu cérébral, puis sur plasma après enrichissement des espèces amyloïdes. Les paramètres étudiés incluront notamment la composition et la force ionique du tampon, les conditions d'agitation, la température, la concentration en substrat et en agrégats. Les produits d'amplification seront caractérisés par fluorescence ThT, digestion protéolytique, SDS-PAGE, FTIR, microscopie électronique à transmission, AFM, sondes conformationnelles et anticorps spécifiques. Une attention particulière sera portée à la reproductibilité inter-expériences

Le candidat recherché devra posséder une solide formation en biochimie ou neurosciences, avec un intérêt marqué pour les maladies neurodégénératives et les protéines amyloïdes. Une expérience pratique en biochimie des protéines, en agrégation protéique, en analyses instrumentales ou en modèles de laboratoire sera appréciée. Le projet nécessitera rigueur expérimentale, autonomie progressive, capacité d'analyse critique, goût pour l'optimisation méthodologique et intérêt pour les approches translationnelles en biomarqueurs.
Veuillez envoyer votre CV, une lettre de motivation, un fichier pdf unique contenant vos notes et classements de Master et de Licence (si disponibles) et deux lettres de recommandation. Vous devez d'abord poser votre candidature par courrier électronique à ****@****.**. Veuillez indiquer 'Candidature - off re de doctorat' dans l'objet du courriel. La date limite de dépôt des candidatures est fixée au 11 mai 2026 sur le site de l'école doctorale : https://edcbs2.umontpellier.fr/.

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