Thèse Déchiffrer la Logique des Arn Viraux In Vivo une Approche à l'Échelle de la Molécule Unique de l'Infection par les Arbovirus H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : IRIM - Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier Direction de la thèse : Jérémy DUFOURT ORCID 0000000340437250 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Les arbovirus tels que les virus Zika, Chikungunya et Sindbis, transmis à l'homme par les moustiques, constituent une menace persistante pour la santé mondiale. Pourtant, des aspects clés de leur cycle de réplication, en particulier la régulation de la traduction et de la réplication des ARN viraux, restent mal compris. Ce projet de doctorat vise à élucider ces mécanismes grâce à l'imagerie en temps réel de la traduction et de la réplication à l'échelle de la molécule unique, à la fois dans des cellules de mammifères et dans des embryons de poisson zèbre vivants, un modèle vertébré particulièrement adapté à la visualisation en temps réel des dynamiques virales. En combinant ingénierie génétique avancée, imagerie des ARN et microscopie de pointe, le/la doctorant(e) étudiera comment les régions non traduites (UTRs) 5 et 3 des virus contrôlent l'initiation de la traduction, la réplication et les interactions hôte-pathogène. Le projet inclura également le développement d'outils innovants pour cartographier la propagation de l'infection, quantifier les cinétiques de traduction et révéler la régulation spatio-temporelle des ARN viraux. À l'interface de la biologie moléculaire, de la biophysique et de l'analyse quantitative d'images, ce projet apportera de nouvelles connaissances sur les dynamiques de réplication des arbovirus et permettra d'identifier de potentielles cibles antivirales. À terme, il contribuera à une meilleure compréhension de la réplication virale et au développement de nouvelles stratégies antivirales. Arthropod-borne viruses transmitted by mosquitoes to humans pose an increasing global health threat, with major pathogens such as Zika virus (ZIKV), Chikungunya virus (CHIKV), and Sindbis virus (SINV) responsible for recurrent outbreaks worldwide. Despite extensive research, fundamental aspects of how these viruses replicate and control their gene expression remain poorly understood.
We are offering a PhD position to investigate how viral RNAs are regulated during infection, with a particular focus on translation and replication. A key objective of this project is to uncover the role of untranslated regions (UTRs) structured, non-coding elements located at the 5 and 3 ends of viral genomes in controlling these processes. These regions are known to recruit host factors and regulate viral fitness, but their precise mechanisms of action remain largely unresolved.
The PhD candidate will join the MDVA team and be co-supervised by Dr. Jérémy Dufourt (CRCN CNRS, HDR) (RNA dynamics and single-molecule imaging) and Dr. Jim Zoladek (CRCN CNRS) (flavivirus biology and RNA stability). The project will combine cutting-edge approaches in molecular biology, live-cell imaging, and quantitative analysis.
A central aspect of the work will involve real-time visualization of viral RNA translation and replication dynamics at single-molecule resolution. Experiments will be conducted in both mammalian cells and zebrafish embryos, a powerful in vivo model offering optical transparency, genetic accessibility, and a strong innate immune context. The candidate will develop and apply quantitative imaging and modeling approaches to address key questions, including: How efficiently are viral RNAs translated and replicated? How do UTR elements control the switch between these processes? How are these mechanisms regulated in space and time within infected cells?
This project will provide fundamental insights into viral RNA biology and host-virus interactions, while offering interdisciplinary training at the interface of virology, quantitative biology, and advanced imaging.
Uncovering the Spatiotemporal Control of Arbovirus Translation and Replication in Vivo This project will combine molecular biology, genetics, biochemistry, and quantitative imaging to investigate how arboviruses coordinate translation and replication in space and time. It relies on advanced live-imaging approaches to directly visualize viral gene expression at single-molecule resolution in a physiological context.

The candidate will link viral RNA localization to translation activity at subcellular resolution using complementary imaging strategies. A series of engineered constructs will be used to probe how RNA elements regulate translation efficiency, while quantitative imaging will provide insights into the dynamics of protein synthesis in vivo.

In parallel, recombinant arboviruses will be generated to enable simultaneous visualization of viral genomes, translation, and replication. This will allow real-time tracking of the transition between these processes during infection.

Overall, this integrative approach will provide a dynamic understanding of arbovirus replication and establish a general framework to study gene expression regulation in living systems.

Les candidats doivent être titulaires d'un master en biologie moléculaire, biologie cellulaire, virologie ou dans un domaine étroitement lié. Une expérience préalable en techniques de microscopie et/ou en manipulation du poisson zèbre sera considérée comme un atout. Une bonne maîtrise de l'anglais, à l'écrit comme à l'oral, est souhaitée.

Les candidats doivent posséder de solides bases en biologie moléculaire et cellulaire, ainsi qu'une expérience pratique des techniques de laboratoire courantes (par exemple : culture cellulaire, clonage moléculaire, analyses d'ARN et de protéines). Une expérience en virologie ou dans l'étude des interactions hôte-pathogène serait un avantage.

Les candidats devront faire preuve d'esprit critique, de rigueur scientifique et être capables de travailler de manière autonome tout en collaborant efficacement au sein d'un environnement de recherche multidisciplinaire. De bonnes capacités d'organisation, de motivation ainsi qu'une communication scientifique claire sont également essentielles.