Thèse Décrypter les Réponses Immunitaires Adaptatives des Espèces de Chauves-Souris H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé Laboratoire de recherche : IRCM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier Direction de la thèse : Emmanuel CORNILLOT ORCID 0000000212021162 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59 Ce projet vise à combler un manque majeur dans la compréhension de l'immunité adaptative des chauvessouris en entreprenant l'annotation et la caractérisation approfondie de leurs répertoires d'immunoglobulines et de récepteurs des cellules T. La réponse immunitaire adaptative défend le corps contre les infections. Les immunoglobulines (IG) et les récepteurs des cellules T (TR) ont un rôle crucial dans la reconnaissance et l'élimination de telles menaces par l'identification d'antigènes. La nécessité de développer des vaccins, des outils thérapeutiques et diagnostiques, a accru l'intérêt pour l'exploration des répertoires d'IG et de TR d'un grand nombre d'espèces, avec des caractéristiques spécifiques.

Les chauves-souris sont des mammifères volants réservoirs importants pour les infections virales, notamment les coronavirus. Les immunoglobulines conventionnelles sont constituées de deux dimères identiques, chacun formé d'une chaîne lourde avec une chaîne légère kappa ou lambda. Au cours de la différenciation des cellules B et T, des réarrangements génomiques se produisent pour produire un récepteur antigénique unique exprimé à la surface de chaque lymphocyte. Des anticorps spécifiques sont produits après l'activation des cellules B. Les loci IG et TR d'espèces de chauve-souris seront annotés au niveau génomique. Les gènes IG seront caractérisés, une nomenclature pour chaque gène sera définie, et le répertoire IG sera intégré dans les bases de données spécialisées de l'IMGT (www.imgt.org), qui est la référence internationale dans le domaine de l'immunogénétique.

À partir d'échantillons sanguins collectés sur le terrain et des répertoires annotés, les transcrits codant les différentes chaînes d'anticorps et de récepteurs T seront isolés et caractérisés, permettant de décrire la diversité clonale, les préférences de recombinaison, la structure des régions CDR3 et l'architecture globale des répertoires exprimés. En reliant ces données aux caractéristiques écologiques et à l'exposition des individus, le projet explorera la manière dont la diversité adaptative se construit et comment elle participe à la tolérance virale et au rôle de réservoir propre aux chiroptères. L'ensemble constituera une ressource inédite pour la communauté scientifique et apportera des éléments essentiels à la compréhension des mécanismes immunitaires qui soustendent les interactions hôte-virus chez ces mammifères. IMGT, la base internationale de référence en immunogénétique, développe depuis plus de trente ans un ensemble cohérent de ressources permettant d'annoter, de standardiser et de comparer les gènes et les répertoires des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T chez de nombreuses espèces. Son activité repose sur une expertise unique qui combine biologie moléculaire, bioinformatique, génomique et ontologies, afin de produire des annotations précises et normalisées des loci IG et TR, des segments germinaux, des transcrits et des protéines. IMGT établit une nomenclature officielle et universelle, indispensable pour harmoniser les analyses et garantir la comparabilité des données entre espèces et entre plateformes de séquençage. Les outils développés par IMGT permettent l'analyse structurée de la recombinaison V(D)J, l'identification des polymorphismes, l'étude de la diversité clonale et la caractérisation des régions CDR. Au fil des années, IMGT a étendu ses activités à de nouvelles espèces grâce à l'annotation de génomes de haute qualité, comme récemment chez le chien, le furet ou encore dans des assemblages humains issus de populations diverses.

Dans un contexte de changements globaux et d'intensification des activités humaines, la fréquence et l'ampleur des émergences virales augmentent. Toutefois, la complexité des interactions hôte - virus couplée à une connaissance encore parcellaire des mécanismes et processus évolutifs, écologiques, et moléculaires à l'oeuvre constitue un frein majeur pour définir des stratégies de santé publique efficaces et durables. Si les recherches se sont largement concentrées sur l'évolution des virus, les spécificités des hôtes réservoirs, en particulier leur réponse immunitaire adaptative, reste sous-explorées, bien qu'elles jouent un rôle clé dans la résistance, la transmission et le franchissement des barrières d'espèces. Étudier l'évolution de cette immunité chez les espèces réservoirs, est essentiel pour prédire la dynamique des infections.

Les chauves-souris présentent des caractéristiques évolutives, écologiques et moléculaires particulièrement adaptées pour étudier les mécanismes qui façonnent les interactions hôtes-virus et la réponse immunitaire: (i) elles comptent parmi les principaux hôtes naturels de virus chez les mammifères, tout en restant tolérantes à certains virus hautement pathogènes pour d'autres espèces, y compris l'humain ; (ii) leurs traits d'histoire de vie, tels que le vol actif, les migrations sur de longues distances et leur tendance à former des gîtes denses et parfois multi-espèces, favorisent la transmission intra- et interspécifique des virus ; (iii) de nombreuses espèces vivent à proximité des populations humaines, ce qui renforce leur importance dans les dynamiques de transmission ; et (iv) des travaux récents ont révélé des signatures d'adaptation dans plusieurs voies de l'immunité innée, notamment dans la voie de l'interféron et dans des gènes antiviraux tels que PKR, suggérant que l'histoire évolutive des chiroptères a façonné des mécanismes uniques d'interaction avec les virus.

En revanche, l'immunité adaptative de ces espèces, fondée sur la diversité générée par les répertoires d'immunoglobulines et de récepteurs des cellules T, reste largement méconnue. L'absence de ressources de référence pour ces systèmes limite aujourd'hui notre capacité à comprendre comment les chauvessouris reconnaissent les agents pathogènes et maintiennent un équilibre immunitaire compatible avec leur rôle de réservoir. Dans ce contexte, l'étude de leur réponse adaptative représente un enjeu essentiel pour décrypter les processus évolutifs et écologiques qui structurent les interactions hôte-virus et, ultimement, pour éclairer les mécanismes qui conditionnent l'émergence.

Le/la doctorant/e doit posséder une solide expérience en bio-informatique et en biostatistique. Une expérience antérieure dans le cadre de stages liés à l'utilisation et/ou au développement de pipelines bio-informatiques (NextFlow) destinés à l'analyse de données à lecture longue serait un atout. Une formation en biologie moléculaire et/ou en génétique des populations serait également appréciée.