Ingénieur de Recherche en Ingéniérie Logicielle au Sein d'Imgt H/F - CNRS

Description du Poste Les Missions Responsable de gestion du flux d'information, de la biocuration en immunogénétique ainsi que de la qualité. Maintenance d'outils et transfert de technologie du laboratoire en startup/deeptech L'Activité Activité 1 :o Gestion du flux d'information des données, traitement informatique et expertise biologique des séquences nucléotidiques en immunogénétique pour le système d'information IMGT.o Réceptionner les données des séquences nucléotidiques des immunoglobulines et des récepteurs des cellules To Utiliser des scripts et des procédures stockées en Java, Python, Rust et en PHP Activité 2 :o Interroger les bases de données avec des requêtes SQL.o Intégrer les données dans la base de données LIGM-DBo Distribuer les données à analyser aux collègues en biocurationo Contrôler la qualité des données avant intégration dans les bases de données.o Adaptation aux nouvelles architectures et technologies mis en place par le service informatique de l'équipe.o Collaborer avec le service bioinformatique dans les études de conception et d'évolution des outils et bases de données du système de la modélisation jusqu'à validation finale.o Rédiger la documentation du pipeline et workflow des différentes procédures appliquées. Activité 3 :o Concevoir, analyse, maintien, évolution et test des outils de la biocuration.o Rediger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.o Modeliser, concevoir et/ou paramétrer tout ou partie de la solution logicielleo Developper et tester les objets et composants, les logiciels.o Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réaliséso Elaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniqueso Creer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en productiono Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les packages en assurant le suivi des versions Activité 4 :o Contribuer à la mise en place du système de management qualité selon les normes ISO 9001 et NFX-50-00o Piloter le processus Infrastructure qualité du laboratoire.o Participer à la gestion du parc informatique et à la résolution des incidents.o Organiser les réunions des différents processus mis en place dans le cadre de la démarche qualité.o Mettre en place des indicateurs en relation avec la stratégie scientifique et politique du laboratoire et les suivre. Activité 5 :o Maintenir, gérer et améliorer les bases de données de l'IMGT.o Participer à la gestion des infrastructures et au déploiement des logiciels.o Participation à l'administration des serveurs, à la gestion des données et des permissions. Activité 6 :o Accroître la visibilité des projets de la biocuration.o Présenter les travaux de biocuration en interne et en externe en réalisant des posters, rédigeant des résumés pour les congrès nationaux et internationaux de biocuration.o Présenter et valoriser l'image, l'expertise, les logiciels et les bases de données IMGT. Activité 7 :o Encadrer les nouveaux arrivants : les former à la méthodologie de la biocuration, les accompagner tout au long de la réalisation de leurs projets au sein du laboratoire.o Contrôler tous les projets Recherche et Développement du laboratoire avant la publication des résultats sur le site d'IMGT.o Prendre en charge des projets d'annotations, gestion de projet, estimer les échéances, planifier et suivre les avancements des projets.o Rechercher et intégrer les séquences d'intérêts des nouveaux génomes dans les bases de données et outils d'IMGT.o Expertise biologique et bioinformatique de ces séquences : Rechercher, Comparer, Identifier et Décrire les gènes dans ces séquenceso Etablir la nomenclature des gènes selon les concepts d'IMGT-ONTOLOGY : Elaborer des règles et standards pour enrichir les concepts de standardisation d'IMGT-ONTOLOGYo Rédiger et mettre à niveau les procédures et documentations technique et fonctionnelle pour les biocurateurs.o Synthétiser les résultats, les publier sous forme de pages web en HTML dans IMGT répertoire, utiliser des scripts en PHP.o Gérer les incidents et apporter des corrections aux logiciels utilisés en biocuration.o Inventorier les séquences exprimées d'ADNc.o Utiliser l'outil IMGT/Automat pour l'annotation des cDNAo Enrichir les bases de données et outils en conséquence. Votre Profil Compétences - Savoirs / connaissances o Bioinformatique , Java, PHP, JavaScript, Rust, MySql, Python, HTML, Linux, Windowso Méthodologie de conduite de projet.o Méthode d'analyse et de conceptiono Immunoinformatique.o Immunogénétique.o Management système de management Qualitéo Anglais technique- Savoir-faire o Piloter un projet.o Effectuer une analyse de besoins.o Appliquer les techniques du domaine.o Appliquer les procédures d'assurance qualitéo Appliquer les normes, procédures et règles.o Piloter un processus dans le cadre de la démarche qualité.o Organiser et animer des réunions qualité et de travail.o Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et techniqueo Développer des logiciels de biocuration et des logiciels de valorisation.o Maintien des logiciels existants.o Optimiser la qualité des données.o Maintenir les bases de données.o Gestion d'incidents informatiqueso Gestion des donnéeso Gestion des versions des logiciels.o Test et versioning des logiciels.o Encadrer et coordonner l'équipe de Biocuration.o Faire la veille scientifique, technologique et Benchmarking.o Communiquer, rédiger et valoriser le travailo Savoir être à l'interface entre biologistes et informaticiens Votre Environnement de Travail Le travail sera réalisé dans l'équipe IMGT à l'Institut de Génétique Humaine (IGH).L'IGH est un institut phare pour la recherche en sciences de la vie et est situé dans la ville de Montpellier, dans le sud de la France. Il offre des équipements et des installations de pointe dans un environnement international de premier ordre.L' IGH est situé sur le campus Arnaud de Villeneuve, partie prenante du programme Objectif Employeur Pro-Vélo.L'équipe IMGT est délocalisée sur le campus de la fac de pharmacie.Conditions de travail: télétravail possible 2 jours/semaine Moyens: Ordinateur fixe et portable, imprimante dédiée, serveurs en commun pour l'analyseEquipe: www.imgt.org Publications: www.imgt.org/IMGTinformation/IMGTreferences.php?data=publications Contraintes et risques Travail sur ordinateur Rémunération et avantages Rémunération à partir de 3175€ brut mensuel, ajustable en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR9002-SOFKOS-062 Secteur d'activité Informatique, Statistiques et Calcul scientifique Emploi type Chef de projet / expert en ingenierie logicielle (H/F) Expérience souhaitée 1 à 4 années À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche

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